«Ермак», легко и свободно расталкивая лед, пробился к берегу Земли Франца-Иосифа. По временам встречались более тяжелые, торосистые поля, но и они не были сколько-нибудь серьезным препятствием. На другой день «Ермак» взял курс на северные новоземельские берега. Почти весь день он пробивался через сплоченные плавучие льды, по-прежнему периодически производились океанографические наблюдения. Вблизи Новой Земли, у мыса Нассау, ледокол встретил такие тяжелые льды, что Макаров, учтя недавний урок, решил вернуться к Земле Франца-Иосифа. Попытка обогнуть мыс Желания и пройти в Карское море не удалась.
Экспедиция вновь вернулась к Земле Франца-Иосифа, где были проведены многочисленные научные исследования, в том числе и на берегу. 18 августа «Ермак» снялся с якоря и снова отправился к северо-восточным берегам Новой Земли. Тяжелые многолетние льды, еще более придвинувшиеся к берегам, снова преградили ему путь. Попытка проникнуть в Карское море не удалась. Проход туда был закрыт прочно.
Но южнее море было почти совершенно свободно ото льдов. Время позволяло еще заняться съемочными и другими научными работами у берегов Новой Земли в районе от полуострова Адмиралтейства до Сухого Носа. В конце августа С.О. Макаров принял решение возвращаться в Кронштадт с заходами в норвежские порты Варде и Тромсе.
Еще из Тромсе Макаров послал Витте телеграмму о результатах экспедиции:
«Северная часть Новой Земли в это лето была обложена тяжелыми прибрежными льдами, которые находились весь июль в сжатии. «Ермак» потерял три недели в упорной борьбе с этими льдами, вследствие чего пришлось программу сократить. Сделаны два рейса к Земле Франца-Иосифа и обратно, первый раз через льды, второй – по свободной воде. Собрали большой материал по ледоведению, глубоководным и магнитным исследованиям, составлена карта Новой Земли от Сухого Носа до полуострова Адмиралтейства. Путь на Енисей кругом Новой Земли для коммерческих пароходов считаю непрактичным…»
Результаты арктической экспедиции рассмотрела специально созданная комиссия, которая представила Витте свои соображения, и вопрос о дальнейшей судьбе «Ермака» был решен окончательно. 13 октября 1901 года Макаров получил из министерства финансов резолюцию следующего содержания:
«Государь император, по всеподданнейшему докладу министра финансов о дальнейшей эксплуатации ледокола «Ермак», 6 октября с. г. высочайше повелеть соизволил:
1. Ограничить деятельность ледокола «Ермак» проводкою судов в портах Балтийского моря.
2. Передать ледокол в ведение комитета по портовым делам с освобождением вашего превосходительства от лежащих на вас обязанностей по отношению к опытным плаваниям во льдах и ближайшее заведывание работами ледокола возложить на Отдел торгового мореплавания».
До 1932 года «Ермак» работал на Балтике, осуществляя ледовую проводку военных и торговых судов. В феврале 1905 года «Ермак» провел через льды Либавского порта в полном составе эскадру Небогатова, отправлявшуюся на Дальний Восток во время войны с Японией. Несмотря на плохое техническое состояние, ледокол был включен в состав эскадры, уходящей на Дальний Восток. Ему поручалась роль угольного транспорта. Капитан Рудольф Карлович Фельман, вступивший в командование ледоколом в 1904 году, неоднократно докладывал о неисправности дейдвудных валов. Но участие в походе не отменялось. На пятые сутки похода отказала одна из машин. Ледокол остановился. С флагманского броненосца что-то сигнализировали, но невозможно было разобрать значение флагов, и капитан на шлюпке отправился на флагманский корабль. Внезапно раздались оружейные выстрелы. Разгневанный адмирал Рожественский приказал открыть огонь по «Ермаку», предполагая намеренное неисполнение приказа. Фельмана обвинили в неумении управлять судном и в злостном неподчинении. «Ермак» был возвращен в Либаву, и это спасло ледокол от верной гибели в Цусимском проливе.
Из примечательных событий этого периода стоит отметить спасение 10 октября 1908 года крейсера «Олег», выскочившего в районе маяка Стейнорт на прибрежные камни. В сентябре 1909 года на судне была установлена радиостанция.
В марте 1911 года Министерство торговли и промышленности и Морское ведомство заключили соглашение о передаче «Ермака» военному флоту в случае объявления мобилизации (приказ по Морскому ведомству № 75 от 14 марта 1911 г.). Основные пункты соглашения гласили: ледокол передавался военно-морскому флоту как при общей, так и при частичной мобилизации (в последнем случае – после Высочайшего повеления). В мирное время экипаж судна комплектовался чинами запаса армии и флота.