Для начала в 1990 г. были проданы на слом в Турцию и Италию, а также отправлены на судоразделочную базу в Инкерман 11 лодок проекта 613 (С‑100, С‑172, С‑197, С‑230, С‑234, С‑287, С‑296, С‑339, С‑344, С‑379 и С‑389) и одна ракетная лодка проекта 651 (Б‑318).
Однако ещё работал наш ВПК, и в январе 1991 г. из Сормова в Севастополь по внутренним водным путям прибыла Б‑871 − новейшая лодка проекта 877В.
20 декабря 1991 г. было расформировано управление 131‑го отдельного дивизиона. Последнюю в нем опытовую лодку СС‑243 списали 1 сентября 1991 г. Заниматься её конвертовкой было некому, и она вместе с учебно-тренировочной станцией УТС‑10[49] попросту затонула на глубине 6 м в Практической гавани. «Отслужив свое, она ждала разделки на металлолом, но «доброжелатели» ускорили этот процесс, сняв с подводной лодки часть арматуры, изготовленной из цветных металлов»[50].
Новейшая лодка Б‑871 показалась националистам лакомым кусочком. Видимо, спецслужбы США и НАТО были готовы заплатить солидные деньги за секреты проекта 877В. И с подачи западной разведки была начата операция по захвату этой лодки.
Предоставлю слово капитану 1‑го ранга Игорю Фёдоровичу Леухину, в то время старшему помощнику командира Б‑871: «Вечером 13 марта 1992 г. помощник командира Б‑871 по работе с личным составом капитан-лейтенант В. Петренко собрал моряков срочной службы украинской национальности и под надуманным предлогом повел их на подводную лодку, стоявшую у плавпирса в Южной бухте.
Прибыв на пирс, Петренко дал приказание: «Команде вниз», а сам вытащил ракетницу и выпустил три красные ракеты. С противоположного берега бухты на катере прибыл капитан 1‑го ранга Лупаков. В центральном посту он по общекорабельной связи зачитал текст присяги на верность народу Украины. На заранее приготовленном листе поставили свои подписи Петренко, командир БЧ-5 капитан-лейтенант О. Клигман, старшие лейтенанты командир БЧ-1 И. Баринов и командир моторной группы А. Рясик, командир группы гидроакустиков лейтенант В. Литвинов и радиометрист А. Махно.
Оценив сложившуюся ситуацию, стоявшие на вахте вахтенный моторист матрос Марат Абдуллин и вахтенный трюмный матрос Анатолий Заяц загерметизировались в 4‑м отсеке и, угрожая прекратить вентилирование аккумуляторной батареи, что грозило взрывом газовой смеси, потребовали связи с командиром или со старпомом. Захват корабля и переприсягание не удались. Лупаков и Петренко вынуждены были покинуть лодку.
Замечу, что попытка захвата боевого корабля в зарубежных базах Великобритании или США была бы поводом для ввода войск для наведения порядка. Так было и в XIX, и в ХХ веках. Соответственно, Россия, послав в Севастополь хотя бы одну Псковскую воздушно-десантную дивизию, навсегда могла бы решить вопрос с Севастополем и Крымом вообще. Но, увы, у нас правил «всенародно избранный» выпивоха, для которого приказ из Вашингтона был куда важнее интересов русского народа.
В сентябре 1993 г. вышел приказ командующего Черноморским флотом, в котором после формулировки: «Ввиду невозможности дальнейшего использования по прямому назначению боевых кораблей… нецелесообразности их восстановления… исключить из состава 14‑й дивизии подводных лодок большие подводные лодки Б‑6, Б‑36, Б‑41, Б‑105 пр. 641, среднюю подводную лодку СС‑128 пр. 633…» Причём Б‑36 поставили в судоремонтный завод № 13 для использования в качестве запасных частей при ремонте Б‑435.
В июле 1994 г. в свой последний парад на День Военно-Морского Флота в Севастополе вышла С‑384 – последняя подводная лодка проекта 613. Она гордо пронесла советский военно-морской флаг по Севастопольской бухте, погрузилась под перископ и вышла на внешний рейд главной базы флота. Эта лодка честно служила стране 42 года, в том числе 33 года на Черноморском флоте.
В конце 1994 г. командование флота принимает решение упразднить базу подводных лодок в Балаклаве. Казарменно-жилищный фонд и коммунальные сооружения, всего 29 зданий, были безвозмездно переданы в постоянное пользование Исполкому Севастопольского Совета народных депутатов.
16 февраля 1995 г. 155‑я бригада подводных лодок была передислоцирована из Балаклавской бухты в Южную бухту. В составе бригады были подводные лодки Б‑435, Б‑871, «Горьковский комсомолец», Б‑9, средняя подводная лодка-лаборатория СС‑533.
В принадлежавшем 155‑й бригаде балаклавском военном городке стала дислоцироваться воинская часть Национальной гвардии Украины.
С начала 1995 г. в составе Черноморского флота уже не было ни одной боеспособной подводной лодки. Лишь 22 мая 1996 г. в состав «сил постоянной готовности» формально ввели подводную лодку Б‑871.
В итоге в составе Черноморского флота осталась одна действующая подводная лодка – Б‑871. Это вызвало необходимость сокращения 155‑й бригады подводных лодок. В январе 2002 г. был создан отдельный дивизион подводных лодок.
Подводная лодка Б‑435 проекта 641 была передана Украине и получила название «Запорiжжя».