11 июля 1997 г. на подводной лодке был торжественно поднят военно-морской флаг Украины, а 21 июля субмарина вошла в боевой состав ВМС Украины. 1 августа 1997 г., когда впервые праздновали День ВМС Украины, на Графской пристани Севастополя министр обороны Украины торжественно вручил командиру подводной лодки капитану 3‑го ранга Ивану Джемеле военно-морской флаг, освящённый во Владимирском соборе в Киеве. 3 августа субмарина была переведена под буксирами в Балаклавскую бухту. После этого «Запорiжжя» была опять же на буксире отправлена в Килен-бухту Севастополя на принадлежавший России судостроительный завод № 13.
Командование УВМС не пожелало покупать аккумуляторы для подводной лодки в России. Посему их закупили у греческой компании «Germanos S.A.». По такому случаю в Грецию сгонял БДК «Константин Ольшанский». Сумма сделки составила около 3,5 млн долларов США (18 млн гривен). После доставки батарей выяснилось, что они не соответствуют по габаритным размерам и клеммами.
В 2006 г. министр обороны Украины Анатолий Гриценко заявил, что после ремонта подводная лодка будет продана. В 2007 г. счётная палата Верховной рады отмечала, что ремонт подводной лодки не является целесообразным. В 2008 г. министр обороны Украины Юрий Ехануров стал активным инициатором восстановления подводной лодки.
В итоге не только аккумуляторы, но и гидроакустические и радиолокационные станции пришлось купить у России. И всё это устанавливали опять же на российском судоремонтном заводе № 13.
20 марта 2012 г. «Запорожье» покинула территорию 13‑го судоремонтного завода Черноморского флота России. В ходе ремонта были проведены работы по замене участков обшивки корпуса, ремонт донно-забортной арматуры, торпедных аппаратов, винто-рулевого комплекса, дейдвудных сальников, монтаж носового шпиля, очистка и окрашивание корпуса и цистерн главного балласта.
Однако, как обычно, украинцы платить за ремонт отказались. В июне 2012 г. «Центральное конструкторское бюро «Черноморец» выступало генеральным подрядчиком по ремонту субмарины и выставило претензию украинским военным в 3 млн гривен (10 млн рублей) за выполненный заказ. Иск ЦКБ «Черноморец» был удовлетворён Хозяйственным судом Севастополя, принимавшим решение в соответствии с украинским законодательством. В мае 2012 г. это решение было подтверждено уже в российском апелляционном суде.
За время службы «Запорожье» один (!) раз погрузилась на перископную глубину.
Все ведущие державы мира издавна содержали свои военно-морские базы на территории других стран. Причём делалось это как с согласия этих стран, так и без оного. Характерный пример – Гибралтар, где Испания уже 200 лет пытается выставить англичан, и Гуантанамо, откуда кубинцы полвека мечтают изгнать янки. Но во всех случаях эти военно-морские базы представляют собой компактные куски побережья.
Собственно, так же и хотели сделать наши военные в 1990‑х гг. при разделе Черноморского флота. Они хотели получить всю Большую (Северную) Севастопольскую бухту. Замечу, что в Севастополе 21 бухта, из них шесть такой величины, что в любой из них может разместиться весь флот Украины. Я уж не говорю о том, что Украина получила ВМБ в Одессе, Донузлаве, Феодосии и Керчи.
Россия же, кроме Севастополя, не имеет ни одной ВМБ на Чёрном море. В Новороссийске по целому ряду причин возможна лишь временная стоянка боевых кораблей.
Однако украинская сторона настояла на том, чтобы военные объекты обеих сторон в Севастополе напоминали чересполосицу. Я сам почти ежегодно бываю в Севастополе, но до 2014 г. не могли понять, где кончается территория одного флота и начинается территория другого флота. То же положение и с причалами, со складами, различными береговыми службами, культурными объектами и т. д.
Вот я в 2011 г. иду на катере вдоль побережья Северной стороны в Большой бухте. У входа в бухту – мощная береговая казематированная Константиновская батарея, построенная ещё адмиралом Лазаревым. Она – российская. А метрах в шестистах от неё – такая же батарея – Михайловская, но она уже украинская.
Ближе к Куриной пристани стоит флагман ВМСУ «Гетман Сагайдачный» (бывший пограничный сторожевой СКР «Киров»), далее – тральщик пр. 266М «Черкассы» (бывший «Разведчик»).
За ним – плавбазы «Славутич» и «Донбасс». Причём в метрах 40–50 от сходней «Славутича» расположена российская казарма, на ней изображение российского и Андреевского флагов.
Метрах в 400 от «Донбасса» – флагман российского Черноморского флота крейсер «Москва», за ним – БПК «Керчь» и т. д.
В Южной бухте базировался 418‑й дивизион тральщиков (4 единицы) и единственная в Черноморском флоте полубоеспособная подводная лодка Б‑871 «Алроса».
В Карантинной бухте базировался 295‑й дивизион ракетных катеров (5 единиц). В остальном бухта была занята украинскими кораблями, в подавляющем большинстве небоеспособными.
На суше российская база представляла собой архипелаг каких-то маленьких островков, окружённых украинской территорией. К примеру, казарма морпехов располагалась в 5 км от автобазы, а та – в 3 км от склада ГСМ.