В 1560 году происходит первый кризис в жизни царя Ивана, и, соответственно, кризис власти и государства. Из-за внезапного страха перед возможным заговором царь отправляет в опалу и разоряет своего ближайшего советника Адашева и ссылает на Соловецкие острова священника Сильвестра. Теперь все, что при Сильвестре считалось благом, подвергается осмеянию и осквернению. Из ревностного христианина царь превращается в разгульного пьяницу. Во дворце начинаются длительные и непотребные оргии. В разговорах со священниками царь утверждал, что делает это исключительно для того, чтобы быть ближе и понятнее простому народу. Летопись свидетельствует, что на царских пирах все напивались до «обоумертвия». Не желавших пить и веселиться обвиняли в неуважении к власти и государственной измене. В это время усиливается конфликт царя с ближайшим боярским окружением.
Ранее приближенные к царю сановники отстраняются от дел, разоряются, отправляются в ссылку. Затем начинаются массовые казни. Опальная знать, не желавшая мириться с царским произволом бежит за границу в Литву. Среди них князь Курбский, прежде близкий друг царя. После побега в Литву, Курбский сделался его злейшим врагом. В исторических архивах сохранилась переписка Курбского с Грозным, где опальный князь из-за границы, уже безо всякого страха, ссылаясь на Святое Писание клеймит власть Ивана Грозного.
«Нет больше в России святителей, – писал Курбский, – которые бы обличили царя в его законопреспупных делах и возревновали о пролитой крови. Нет больше людей, которые могли бы потушить лютый пожар и спасти гонимую братию».
Грозный не щадил никого, ни семей опальных бояр, ни даже их слуг. Он приказал казнить слугу князя Василия Шибанова и выставить его труп для всеобщего устрашения. Узнав об надругательстве над безвинно убиенным, боярин Морозов приказал своим людям похоронить княжеского слугу, за что был схвачен царской стражей и отправлен в тюрьму.
Репрессии приводили к молчаливому или явному сопротивлению со стороны знати. В 1564 году напряженная политическая ситуация в России резко усугубляется тяжелейшими военными проблемами.
На западных границах началось вторжение польско-литовских войск. Одновременно с востока двинулась татарская орда, осадившая Рязань. Положение Москвы становится критическим. С большим трудом оба нашествия были отбиты, однако в стране воцарились страх и уныние. Все ждали изматывающей войны на два фронта. В это время Ивана Грозного вновь охватывают религиозные чувства. Он ездит по московским церквам и монастырям, целые дни проводит в молитвах, затем вместе с семьей, взяв с собой самые святые иконы и государственную казну, с огромной охраной покидает столицу. Его ближайшее окружение также отправляется в путь в сопровождении семей. Оставшиеся в Москве бояре терялись в догадках по поводу намерений царя.
После нескольких недель скитаний по московским землям, процессия останавливается в Александровской слободе. Отсюда Грозный оповещает митрополита и боярскую думу о том, что «от великой муки» он оставляет свое государство и селится там, «где его, государя, Бог наставит». Здесь же, словами горькими и покаянными, им написано политическое завещание о всех грехах им совершенных, о презрении к себе и к делам своим, и о божьей каре, постигшей его за непримиримую ненависть, и о том, что нет такого врача, который бы мог исцелить его.
Когда боярская дума получила царское послание, дьяки собрали на площади большую толпу и объявили об отречении царя. Это известие, подобно пожару, мгновенно распространилось по Москве. Толпа на площади пребывала час от часу, ее поведение становилось все более угрожающим. Ворвавшись в митрополитовы покои, народ объявил, что будет просить царя вернуться на царство, а если кто из бояр— врагов царя и народа, попробует воспротивиться этому, то врагов этих прикончат в ту же минуту.
Несмотря на то, что у царя была масса противников и недоброжелателей, под давлением толпы боярская дума была вынуждена отклонить царское отречение и послать в Александровскую слободу униженное письмо с просьбой о возвращении.
Послы отправились без промедления, царь выслушал их внимательно и сказал, что решение его окончательное и обжалованию не подлежит. Но затем, после слезных молений архимандрита Левкия и новгородского архиепископа Пимена, снизошел и согласился вернуться, но лишь с одной оговоркой: бояре— личные царевы враги. Посему отныне страна делится на две части. Одна часть— земство, управляется, как и раньше, боярской думой. А другая часть – опричнина, подчиняется лично царю и никому больше. Кроме того, отныне царь может карать и казнить любого человека, даже самого знатного, без согласия Думы. Бояре смиренно согласились. Сама Дума этим решением была сведена до положения римского сената в страшные времена правления императора Нерона. В стране на долгие годы начался кровавый террор, коснувшийся не только знати, но и всего населения.