Несмотря на то, что монополия компании вновь была введена в действие, и она вновь была освобождена от действия закона, запрещающего вывоз из Англии серебра, основной валюты восточной торговли, ее финансовая структура должна была стать более похожей на структуру вока: хотя она и была акционерным предприятием, ее капитал стал постоянным, а не временным. Ранее компания была скорее похожа на подставную организацию, которая пыталась координировать ряд независимых предприятий, а не на компанию, какой мы ее знаем сегодня, с общим направлением или стратегией. Каждая экспедиция финансировалась независимо и получала или теряла прибыль независимо друг от друга. Бухгалтерский учет был сложным, привлечение нового капитала для каждого корабля было утомительным, а конкуренция между собственными кораблями компании не позволяла выработать единую стратегию борьбы с вокалом. Для того чтобы закрепиться в восточной торговле, необходимо было создать структуру, подобную голландской компании, включая способность использовать весь имеющийся капитал для достижения общих целей, таких как создание мощных укреплений, сотрудничество между кораблями, строительство совместных заводов и эффективных сил обороны. Чтобы преуспеть, новой английской Ост-Индской компании требовалась как организованная стратегия логистики, поддержки и обороны, так и деньги для ее финансирования. Новая корпоративная структура обещала решить эти проблемы, и в течение нескольких месяцев лондонские инвесторы собрали более 750 000 фунтов стерлингов нового капитала. Впервые за несколько десятилетий будущее компании выглядело радужным.
Когда в следующем году Кромвель умер, хартия снова оказалась в подвешенном состоянии. Но после восстановления монархии два года спустя новый король, Карл II, издал новую королевскую хартию для компании, наделив ее чрезвычайными полномочиями, которыми она никогда не обладала прежде: она могла вести войну, отправлять правосудие, вступать в дипломатические отношения с иностранными князьями, приобретать территории, создавать армии и командовать ими, захватывать и грабить суда, нарушающие ее монополию. Подобно вокалу, английская Ост-Индская компания приобрела многие полномочия государства. Однако ее мандат заключался в том, чтобы использовать эти новые полномочия на благо акционеров, а не государства. Несмотря на то, что размеры английской компании составляли лишь малую часть от размеров вока, она была фактически государством в государстве - по крайней мере, она могла действовать таким образом за пределами Европы.
Компания благоразумно решила не начинать новую частную коммерческую войну против воков на Островах пряностей и вместо этого сосредоточилась на Индии, где уже добилась скромных успехов. Пряности больше не были главной целью предприятия - доступ к дешевым пряностям прямо из источника контролировался Воком, в то время как Индия предлагала новые и ценные товары, такие как шелк, краситель индиго, хлопковые ткани и селитра, жизненно важный ингредиент для пороха, который был в постоянном дефиците в Европе и определял состояние компании на протяжении более века. Сурат официально стал новой штаб-квартирой компании, и немногие оставшиеся в Бантаме сотрудники были переведены в Сурат. Не то чтобы конфликт между Англией и Голландской республикой прекратился - всего несколько лет спустя, в 1664 году, Ричард Николлс приказал Питеру Стайвесанту и голландской Вест-Индской компании передать город и порт Новый Амстердам английским войскам.
В течение оставшейся части XVII века торговля и прибыль английской компании были скромными, но стабильными, и они росли по мере ее пребывания в Индии. К началу XVIII века компания основала три отдельных "президентства" на индийском субконтиненте: в Сурате на северо-западном побережье, в Мадрасе на центральном восточном побережье и в Калькутте на северо-востоке. Вок имел сильное присутствие в Индии, но субконтинент был огромен, и голландская компания не имела возможности монополизировать торговлю или даже вести войну против своих конкурентов. Хотя две компании вели интриги и ссорились из-за доступа к селитре, это не было прямой войной, как в случае со специями.
Селитра - кристаллы, образующиеся в земле под действием бактерий на экскрементах и моче животных при помощи тепла, - особенно активно формировалась в засоренных сточными водами почвах сельскохозяйственного центра Бенгалии, вокруг Калькутты, где необычайная жара и продолжительный сухой сезон давали огромное количество селитры высочайшего качества. "Восточная Индия", по словам одного купца XVII века, "славится этим [селитрой] не меньше, чем своими пряностями". К концу XVII века Индия стала основным источником поставок почти для всей Европы, а к XVIII веку многие европейские компании имели агентов, склады и социальные или коммерческие связи с различными производителями селитры в Индии. Из-за своего тяжелого веса селитра использовалась в качестве балласта перед отплытием кораблей, а сверху на нее наваливали другие ценные грузы.
