Измотанный от нагрузок и прохладной погоды, пятидесятидвухлетний Баранов собрался возвращаться на север, в Кодьяк, оставив около тридцати русских и, возможно, четыреста алеутов для охраны форта, пока он не вернется с подкреплением. Во время плавания около двухсот его охотников-алеутов погибли от употребления в пищу испорченных моллюсков. По возвращении в Кодьяк он столкнулся с мятежом, к которому его подтолкнули священники и некоторые чванливые морские офицеры, которым способствовал тот факт, что они уже два года не получали припасов из Охотска. Баранов усмирил мятежников как раз в тот момент, когда пришло долгожданное известие о его назначении главным управляющим Российско-Американской компании. Осознав, что теперь он довольно богат благодаря росту стоимости своих акций, он пожертвовал значительные суммы на финансирование школы. Он также получил признание за все свои труды на благо компании и нации: медаль от нового царя Александра "за верную службу в тяготах и нуждах и за неослабную преданность".
Однако вскоре его триумф был омрачен трагическими известиями. Поздним летом он узнал, что его поселение и форт в Ситке подверглись нападению тлинкитских воинов, вооруженных американским оружием, и были "сведены в пепел, а люди уничтожены". Из сотен колонистов, которых он оставил там всего несколько месяцев назад, в живых осталось всего сорок два человека. Тлингиты тогда разграбили более четырех тысяч шкурок морской выдры из кладовых. Летом 1800 года воины тлинкитов напали и на другие аванпосты Русско-Американской компании на побережье, убив около шестисот человек.
Убытки компании были огромны, как и потери жизней, в том числе и тех, кого Баранов знал много лет.
А еще компания потеряла доступ к лучшим оставшимся местам обитания морской выдры.
Баранов, конечно, был охвачен крайностями новостей. Едва узнав об этой сокрушительной для компании неудаче, он услышал, что Петербург повысил его в чине до коллежского советника, что эквивалентно полковнику в армии или капитану на флоте. По желанию он мог требовать, чтобы к нему обращались "ваше превосходительство". Для человека скромного происхождения и образования это было поразительное возвышение, которое значительно облегчало его работу по управлению Русской Америкой. Своему совету директоров он писал: "Я дворянин, но Ситка разрушена.
Я не могу жить под этим бременем, поэтому я отправляюсь либо вернуть владения моего великого благодетеля, либо умереть в попытке".
Поклявшись отомстить тлинкитам, Баранов пообещал вернуть Ситку и удержать ее с той же навязчивой решимостью, которая заставила его создать прибыльное деловое предприятие из сборища недовольных, не получавших поддержки от головного офиса на далеком континенте и страдавших от внутренних споров и борьбы за власть. Он сговорился с британским морским капитаном Джозефом О'Кейном о приобретении оружия и боеприпасов и неустанно работал, чтобы получить деньги, необходимые для зарплаты и оборудования, отправив сотни алеутов на юг, в Калифорнию, вместе с О'Кейном в рамках причудливой схемы разделения прибыли, которая наверняка не прошла бы проверку советом директоров в Петербурге. Пушнина добывалась с помощью персонала Российско-американской компании; большой корабль О'Кейна перевозил ее через Тихий океан, а затем О'Кейн продавал ее в Кантоне под американским флагом (России было запрещено торговать там). Затем О'Кейн предоставит Баранову всю прибыль Русско-Американской компании в виде оружия, боеприпасов и другого снаряжения, необходимого для завоевания родины тлинкитов. К сентябрю 1804 года Баранов собрал свои силы для вторжения и отправился на юг на большом флоте, состоявшем из двух шлюпов, двух шхун и трехсот лодок поменьше. По счастливой случайности в этом районе оказался 450-тонный русский фрегат "Нева" под командованием капитан-лейтенанта Урея Лисянского, который согласился помочь Баранову в его нападении.
Когда внушительная сила вошла в Ситка-Саунд, Баранов отправил гонца с требованием, чтобы тлинкиты сдались и покинули эти места: он поклялся, что построит свой следующий форт и поселение на том самом берегу, где сейчас стоит деревня тлинкитов. Но тлинкиты не сдавались. Произошло кровопролитное сражение, когда войска Баранова атаковали деревню тлинкитов, но русские были отбиты. Баранов получил ранение в руку, после чего призвал могучую Неву обстрелять город тлинкитов из своих пушек. Они обстреливали деревню несколько дней, пока тлинкиты не сдались и не бежали. Позже, осенью того же года, во время официальных мирных переговоров с тлинкитами Баранов получил право на новое место для поселения Российско-Американской компании, именно там, где он поклялся его разместить. Тлингиты останутся независимым от компании народом, сохранят свои законы и обычаи, но их планируется все больше вовлекать в экономическую орбиту деятельности компании.
