Организационная структура советской космической программы, а точнее ее отсутствие, давала конструкторам космических кораблей решающее преимущество перед космонавтами в подобных внутренних спорах. В Советском Союзе не было единого центрального органа управления вроде НАСА, который бы курировал всю космическую отрасль. Управление советской космической программой было рассредоточено по большому количеству предприятий оборонной промышленности, военных и научных учреждений. В этих условиях Особое конструкторское бюро № 1 Королева – главный подрядчик по проекту «Союз» – имело беспрецедентное влияние на развитие космической программы. Сам Королев, в частности, играл ведущую роль в принятии решений по целому ряду вопросов, выходящих далеко за рамки инженерных задач, таких как закупка космических кораблей, подготовка космонавтов, подбор экипажа, составление программы полетов и наземное управление полетами. Поэтому в советской космической программе разделение функций между человеком и автоматикой зависело главным образом от точки зрения инженеров.
Конструкторы «Союза» признавали, что ручное управление «позволит снять ряд сложных приборов и упростить автоматические системы управления»500. По сравнению с «Востоком» они значительно расширили набор функций ручного управления, но эти новые функции касались не столько пилотирования, сколько контроля многочисленных бортовых систем и устранения неисправностей оборудования. Космонавт «Союза» был космонавтом другого типа – скорее инженером, чем пилотом.
В программе «Союз» стали меняться требования к квалификации экипажа, критерии отбора и даже сама профессиональная идентичность космонавтов. Первая группа советских космонавтов, летавших на аппаратах «Восток», была отобрана из числа молодых военных летчиков, не имевших серьезного инженерного образования и большого летного опыта, в отличие от более образованных и опытных летчиков-испытателей, отобранных в группу астронавтов «Меркурия»501. Королев выбрал военных летчиков, поскольку они обладали универсальными навыками пилота, штурмана, связиста и стрелка502. Но управление технологически сложным кораблем «Союз» требовало более серьезных инженерных навыков. Два возможных пути решения этой проблемы были выдвинуты двумя соперничающими профессиональными группами, каждая из которых преследовала собственные интересы.
Офицеры ВВС, руководившие отбором и подготовкой космонавтов, опасались, что инженеры космической отрасли будут претендовать на места в экипажах кораблей «Союз». Чтобы предотвратить такую возможность, ВВС решили повысить уровень инженерной подготовки летчиков-космонавтов. В декабре 1963 года ВВС попросили направить пять уже летавших космонавтов на обучение инженерному делу в Военно-воздушную инженерную академию имени Жуковского. Космонавтов направили в Академию несмотря на их сопротивление (они предпочитали работать инструкторами новых космонавтов или готовиться к новым полетам), и они получили инженерные дипломы503. Вскоре от всех остальных космонавтов потребовали пройти обучение в Академии, и высшее образование стало обязательным требованием для отбора космонавтов.
Космические инженеры, работавшие в системе Министерства общего машиностроения и других оборонных ведомствах, предлагали другое решение. Они настаивали на том, что на двух- или трехместном «Союзе» функции управления можно разделить между членами экипажа, и в полетах тогда смогут участвовать специалисты узкого профиля. Это открыло бы инженерам возможность вступить в отряд космонавтов и даже стать членами экипажей лунной программы. Поскольку на кону стояла профессиональная идентичность космонавта, ВВС категорически воспротивились таким планам. Каманин записал в дневнике: «Будет большая и длительная борьба»504.
Обе группы умело использовали недостатки организационной структуры советской космической программы, пытаясь потеснить друг друга. Проектирование космических аппаратов и подготовка космонавтов были институционально разделены: проектированием и производством космических аппаратов руководило Министерство общего машиностроения, а подготовка космонавтов находилась в ведении ВВС. Офицеры ВВС жаловались на то, что космонавтов практически не допускают к участию в разработке космических кораблей. Они подчеркивали, что в авиационной отрасли на этапе проектирования инженеры регулярно консультируются с опытными летчиками, в то время как космонавты полностью исключены из процесса разработки505. Наличие инженерного образования с темами дипломов в области проектирования космических кораблей делало летчиков-космонавтов специалистами как в пилотировании, так и в разработке, и таким образом давало им преимущество перед соперничающей группой.