Инженеры, со своей стороны, настаивали на том, что космические полеты – это фактически летные испытания космической техники, которые должны проводиться опытными инженерами. Василий Мишин, сменивший Королева на посту главного конструктора после его смерти, утверждал, что «проверка конструкторских решений может быть выполнена [в полете] только высококвалифицированными специалистами, непосредственно участвующими в проектировании и наземных испытаниях кораблей»506. Таким образом, вместо вовлечения летчиков-космонавтов в процесс проектирования космических кораблей он предложил проводить подготовку космических инженеров к профессии космонавта и дать им возможность испытывать новые системы в полете.
Вскоре Мишин предпринял практические шаги по изменению состава отряда космонавтов. В мае 1966 года в Особом конструкторском бюро №1 был создан летно-методический отдел для подготовки гражданской группы «космонавтов-испытателей»507. Это немедленно привело к открытой конфронтации с ВВС, защищавшими свою монополию на отбор и подготовку космонавтов. Пользуясь своим влиянием на советское руководство, Мишин пригрозил, что летать будут только инженеры и ученые, а программа обучения в Центре подготовки космонавтов ВВС будет упрощена или вообще закрыта508. В конце концов был выработан компромисс, согласно которому в состав стандартного экипажа «Союза» должны входить один военный летчик в качестве командира корабля, один гражданский инженер и один космонавт-исследователь, причем в роли последнего должны по очереди выступать военные и гражданские лица509.
По мере того как конструкторы космических кораблей вступали в отряд космонавтов, они вносили элементы инженерного проектирования в планирование деятельности космонавтов. Инженер систем управления и космонавт Алексей Елисеев разработал пошаговую схему (циклограмму) перехода с одного корабля на другой путем выхода в открытый космос, которую он сам осуществил во время совместного полета кораблей «Союз-4» и «Союз-5». Елисеев прописал все действия и кодовые слова для каждого члена экипажа. Процедура была записана на четырехметровом свитке бумаги510. Инженеры создали специальный отдел, который проектировал деятельность космонавтов так, чтобы она соответствовала логике бортовой автоматики. Разработчики систем управления работали в тесном контакте со специалистами по инженерной психологии, которые рассматривали систему управления космическим кораблем как «кибернетическую систему „человек – машина“»511. Потихоньку переопределяя идентичность космонавта, конструкторы космических кораблей избегали слова «пилот» и предпочитали термин «оператор по управлению движением аппарата»512. Космонавт должен был вписаться в существующую технологическую систему, и эффективность его действий оценивалась в сугубо машинных терминах.
Космонавтов начало возмущать то, что они воспринимали как «чрезмерную алгоритмизацию» своей работы. Они утверждали, что жесткая регламентация и попытки «заалгоритмизировать» деятельность космонавтов на борту вынуждают их «работать как автомат» и лишают возможности планировать свои действия самостоятельно513.
Ряд аварийных ситуаций, сложившихся во время полетов на кораблях «Союз», подчеркнул исключительную важность вопросов взаимодействия человека и машины для управления космическими кораблями. Поскольку функции человека и машины часто не были четко разграничены, ответственность за ошибки также несли обе стороны. В то время как комиссия по расследованию аварийных случаев, как правило, возлагала ответственность либо на человека, либо на машину, сбои часто носили системный характер. В аварийной ситуации часто приходилось пересматривать жесткие схемы управления и переопределять функции человека и машины. Зачастую в дело вмешивались наземные операторы, что еще более усложняло разделение обязанностей. В конечном счете успех полета часто определялся не тем, как много или мало делают космонавты, а тем, насколько хорошо они интегрированы в систему управления, включавшую в себя как бортовую автоматику, так и наземный центр управления полетом.