В апреле 1967 года был запущен «Союз-1», пилотируемый Владимиром Комаровым, для плановой ручной стыковки с другим космическим кораблем. Возложение ответственности за стыковку на пилота споров не вызвало. Инженеры полностью доверяли работе автоматической системы сближения, которая должна была привести два космических корабля в идеальное положение для ручной стыковки. «[Инженеры] не очень представляли себе динамику и сложность этой операции [ручной стыковки] после выведения [на орбиту], рассчитывая на безукоризненную работу автоматики»,– вспоминал космонавт Владимир Шаталов514. Еще до запуска второго корабля на «Союзе-1» произошли многочисленные отказы оборудования, и полет пришлось срочно заканчивать. Комаров успешно выполнил ручную коррекцию ориентации с помощью нового метода, сымпровизированного во время полета. Никакой предварительной тренировки для использования этого метода у Комарова не было. Гагарин, как главный оператор по связи с экипажем во время этого полета, сказал ведущему конструктору системы управления: «Что бы мы делали без человека на борту? Ваша ионная система оказалась ненадежной, датчик 45К вышел из строя, а вы до сих пор не доверяете космонавтам»515. В самом конце отказала автоматика, раскрывавшая парашют, и в этой ситуации у Комарова уже не было возможности вручную исправить эту роковую ошибку. Космический корабль на полной скорости врезался в землю, и Комаров погиб.
В октябре 1968 года была сделана вторая попытка осуществить полет с автоматическим сближением и ручной стыковкой двух кораблей. На этот раз автоматика сработала хорошо, но космонавту Георгию Береговому на «Союзе-3» не удалось выполнить ручную стыковку. Он неправильно интерпретировал световые сигналы второго корабля и попытался приблизиться к цели в перевернутом положении. Инженеры расценили это как явную ошибку пилота, но ответственный за подготовку космонавтов Каманин указал на то, что бортовая система ручного управления несколько отличалась от версии, установленной на наземном тренажере, и космонавту не хватило времени, чтобы адаптироваться к невесомости. «В структуре человек – машина я не нашел своего места»,– признался Береговой. Он жаловался, что ручки управления слишком чувствительны и приводят корабль в движение при малейшем прикосновении: «Для автомата это хорошо, а для человека создает излишнюю нервозность»516. Каманин интерпретировал этот инцидент как системный сбой, а не ошибку пилота: «Если даже такой опытный летчик-испытатель [, как Береговой,] не смог вручную выполнить стыковку двух космических кораблей, это означает, что [ручная] система стыковки слишком сложна для работы в условиях невесомости»517.
Руководители советской космической программы начали настаивать на использовании автоматической стыковки. Две успешные автоматические стыковки беспилотных космических кораблей в октябре 1967 года и в апреле 1968-го укрепили веру в то, что участие человека в стыковке не требуется. Тем не менее конструкторы космических кораблей стремились доказать, что их система ручного управления действительно работоспособна. Мишин настаивал на ручной стыковке кораблей «Союз-4» и «Союз-5» в январе 1969 года, несмотря на то что его начальник, министр общего машиностроения Сергей Афанасьев, настаивал на использовании проверенной автоматической процедуры стыковки518.
На этот раз инженеры позаботились о том, чтобы космонавты получили более чем достаточную наземную подготовку. Шаталов, командир корабля «Союз-4», выполнил на наземном тренажере не менее 800 имитационных стыковок в различных режимах519. В дальнейшем требования к подготовке экипажей к орбитальным стыковкам были снижены до 150 имитационных стыковок на тренажере520.
Несмотря на серьезную подготовку, руководители пытались заставить Шаталова согласиться на автоматическую стыковку, а ручную оставить в качестве резервного варианта. Позднее он вспоминал, что Каманин сказал ему: «Ну что ты связался с ручной стыковкой? Если с автоматикой не получится, то ты не виноват, все нормально, слетаешь. А так стоит вопрос, пускать ли вас или другой экипаж». Шаталов наотрез отказался:
