В годы Большого террора репрессии обрушились на ЦИК СССР. Без какого-либо предварительного согласования было арестовано большинство членов ЦИК СССР, а позднее и многие члены Президиума Верховного Совета СССР. Не говоря о сотнях работников аппарата, который обслуживал ЦИК СССР и Верховный Совет СССР. Погибли секретари ЦИК СССР А. С. Енукидзе, А. Ф. Киселев, И. С. Уншлихт, И. А. Акулов. Именно Калинин как председатель Президиума ЦИК СССР должен был давать, чаще всего «задним числом», формальную санкцию на арест работников и членов ЦИК и Верховного Совета.
Член ЦИК СССР, председатель горсовета Казани П. В. Аксенов, отец будущего известного советского писателя В. П. Аксенова, сумевший вынести 18 лет в лагерях, рассказывал, что его арестовали прямо на заседании ЦИК. Попросили пройти в кабинет Михаила Ивановича, где уже находились трое сотрудников НКВД. Они при Калинине предъявили Аксенову ордер на арест. Михаил Иванович со слезами на глазах обнял Аксенова, пробормотал что-то вроде просьбы о прощении. А потом — отстранился и предоставил действовать сотрудникам «органов».
Можно ли винить Калинина в «безучастности» к происходившему? По свидетельству близко знавших его людей, он запрашивал дела лиц, привлеченных к ответственности НКВД, вызывал следователей, ведших эти дела. Они подолгу совещались, о чем-то говорили, что-то обсуждали. Нередко после этих встреч сотрудники видели Калинина нервным, дымящим папироску за папироской, напряженно шагающим по своему кабинету. Если кто-то вопрошал: «Чем Вы так расстроены?» Мог слышать ответ: «Что я могу сделать? Чем могу помогать товарищам, когда везде стоят их подписи?» Оказать практическую помощь удавалось очень редко. Зачастую все упиралось в факт данных ими показаний с признанием своих «вражеских действий». Обращался Калинин — и не раз — к Сталину об арестах сотрудников. Тот каждый раз отмахивался:
Ситуация, действительно, формально была тупиковой. После санкционирования Сталиным предложений НКВД о приговорах тем или иным партийно-государственным работникам или военным деятелям было уже невозможно сделать что-либо, «отыграть» назад. Немаловажен и тот факт, что решение Военной коллегии Верховного Суда не подлежало обжалованию даже в Президиуме Верховного Совета СССР.
Знаем мы и о письмах Калинина в адрес, например, наркома внутренних дел Н. И. Ежова, которыми он, пусть и в завуалированной форме, хотел привлечь внимание к нарушениям в действиях сотрудников наркомата. Так, в письме от 28 декабря 1937 г. он писал:
«Посылаю Вам жалобы на следственные органы Наркомвнудела. Число их растет. Характерно, что совершенно нет ни жалоб с подписями, ни анонимок из центральных мест, с Украины. Много с восточных областей, Белоруссия, но тоже главным образом с районов. Хорошо, если бы Вы взяли два места, послали своего доверительного человека, минуя ведомственные инстанции. Нельзя поручиться, что в таких местах не орудуют враги, конечно, с целью дискредитации враги могут писать и такие письма. Во всяком случае, их нельзя оставлять без внимания
С ком[мунистическим] прив[етом] М. Калинин»[318].
Калинин откликался на обращения к нему со стороны всех тех своих дореволюционных товарищей, кто оказывался перед необходимостью в обстоятельствах 1930-х гг. «защищаться»: доказывать свое участие в революционном движении, подтверждать партийный стаж, восстанавливаться в партии и т. д.