В конце декабря 1902 г. Михаил Иванович тайно выехал в Петербург за книгами, газетами, листовками или, как тогда говорили социал-демократы, за «литературой». Новый 1903 г. встретил у друзей — беспартийных и партийных товарищей с Трубочного завода, которые оживленно обсуждали злободневные вопросы политической жизни, обращались к историческим и литературным темам. На другой день, нагруженный литературой, Калинин вернулся в Ревель. Литературу удалось быстро раздать, частью припрятать. Как обычно, вышел на работу, стоял у станка. Вдруг, будто из-под земли, по бокам выросли два жандарма. Третий бросился к пиджаку, висевшему на гвозде, и сразу — в потайной карман. А там — пусто. Только свою осведомленность выдал сыщик. Обыскали и повели домой, где и продолжили обыск. Жандармы попались добросовестные. Рылись в комнате, все перевернули… а улик нет. Молча, с тупой настойчивостью пересматривали книжку за книжкой. Отобрали книг пятьдесят, показавшихся подозрительными, сложили аккуратной горкой. Дело двигалось к благополучному завершению. Разочарованный полковник сел к столу составлять протокол. Непроизвольно выдвинул ящик письменного стола и ахнул от изумления: в нем нелегальные брошюры, а под ними — шифр для тайной переписки!
Заключен Калинин был в городскую тюрьму, что находилась в Вышгородском замке. А тут еще 15 января 1903 г. полиция, ведя расследование в отношении арестованной дочери П. Лаврова Марии Негрескул — руководительницы подпольного кружка «Объединение революционных сил, памяти Петра Лаврова» обнаружила в записной книжке Марии зашифрованный адрес Калинина. На допросах Калинин не признал себя в чем-либо виновным. Объяснил, что брошюры присланы ему по почте от неизвестного адресата, а как его адрес попал в записную книжку Негрескул, понятия не имеет[35].
21 января 1903 г. Калинина привезли в Петербург под усиленным конвоем и снова бросили в дом на Шпалерной[36]. Здесь он узнал об аресте соратников[37]. Дом был знакомым, однако порядки в нем изменились: книги для политических выдавали с ограничениями, свиданий почти не разрешали, чуть какой протест — в зубы. Во время коротких прогулок Калинин постарался связаться с другими арестованными, подговорил их объявить голодовку в знак протеста против издевательств. Шесть дней лежал Михаил пластом, в рот не брал ни крошки, выливая пищу в парашу. Обеспокоенное тюремное начальство торопилось возбудить ходатайство о переводе его в другую тюрьму.
Как-то раз щелкнул замок, вошел стражник: «Иди в контору, без вещей». Пошли через подвалы. Но вместо конторы вывели во двор, посадили в карету и повезли в сопровождении конвоя — 30 солдат со штыками. Даже шапки не дали надеть. Так Калинин оказался в «Крестах» — одной из самых страшных, по режиму и обстановке, тюрем России. Поместили его в одиночную камеру. Везде короткие тюремные прогулки здесь продолжались всего 15 минут. В душных и тесных одиночках заключенные изнемогали от недостатка воздуха, от голода, от побоев, от безделья: книги категорически воспрещались.