По преданиям, это старинное здание на Берсеневской набережной существовало еще в XVI веке и при Иване Грозном якобы принадлежало Малюте Скуратову. Позднее, также по легендарным сведениям, им владели боярские роды Годуновых и Стрешневых, высшая дворцовая знать. Совершенно достоверна другая дата. В одной из комнат первого этажа в своде замкнут камень, на котором высечена надпись, указывающая дату возобновления палат: «…в лето 7765… палата посправлена». Эту же дату - 1657 г. - подтверждают «Строильные книги московским церквам», где под этим годом о застройке участка у церкви Николы на Берсеневке читаем следующее: «А на том ево огороде, подле ево Аверкиева двора, построена ево Аверкиева палата вновь, а от церковной земли до той ево палаты пять сажен». Из той же книги следует, что Аверкий Кириллов получил усадьбу по наследству от родителей в начале XVII века, причем вначале владел ею совместно с двумя братьями. В старинных документах Аверкий Стефанович Кириллов упоминается сначала как «московский гость» (купец), а с 1667 г. в звании думного дьяка.
Архитектурные исследования, которые велись сначала Д. В. Разовым, а затем на протяжении многих лет Г. В. Алферовой, показали, что Аверкий Кириллов значительно расширил старый дом. Палаты оказались в глубине обширного двора, а на улицу выходили лишь службы - людские, поварни, конюшня. В архитектуре каменных палат были претворены традиции народного деревянного зодчества. В здании имелись жилые палаты, обширные подвальные помещения, терема. Красное крыльцо было пышно отделано, увенчано шатром. Три этажа имеет здание ныне, причем нижний цокольный этаж за три столетия оказался под напластованиями земли. При расчистке в толще культурного слоя археологам не раз встречались многоцветные рельефные изразцы, украшавшие фасады здания и крыльцо. Сочетание белого резного камня, красного кирпича, красочной майолики придавало зданию чрезвычайно живописный вид.
Одновременно с палатами Кириллов построил большую каменную домовую церковь и соединил ее с ними крытой, на каменных столбах галереей. Под северной папертью храма и был погребен думный дьяк. В притворе у северных дверей церкви в стене были замурованы надгробные плиты (в настоящее время они хранятся в археологическом отделе Государственного Исторического музея). Одна из надписей гласит: «…раб Божий думный дьяк Аверкий Стефанович Кириллов от рождения своего поживе 60 лет и от начала мира лета 7190 мая в 16 день мученически скончался…» Конец свой дьяк нашел во время стрелецкого мятежа 1682 г. - был убит в Кремле как сторонник Нарышкиных. Жена дьяка Ефимилия Леонтьевна, как рассказывает надпись на другой плите, не намного пережила Аверкия Кириллова - скончалась в октябре того же года, также в возрасте 60 лет. Ряд ценнейших находок был обнаружен археологами Музея истории и реконструкции г. Москвы во время наблюдений за земляными работами при реставрационных исследованиях здания церкви Николы на Берсеневке и связанных с ними вскрытий боярских погребений. В одном из женских захоронений XVII века оказались, например, изящной формы золотые серьги «одинцы», имевшие вставки изумрудов, - интересный образец ювелирного искусства древней Москвы.
Усадьба Кириллова - яркий памятник московского зодчества XVII века - в XVIII веке перешла в казенное ведомство. В XIX веке здание палат стало «курьерским домом» - здесь жили сенатские курьеры. Позднее в древних московских палатах размещалось Московское археологическое общество. Ныне в реставрированном здании находится Научно-исследовательский институт культуры.
