В этой ситуации, Малер, осознавший всю глубину любви к Альме и терзаемый страхом ее потерять, дошедший в отчаянии до полного мазохистского самоуничижения, решил обратиться за помощью к доктору Зигмунду Фрейду, который в то время отдыхал в Голландии. Дважды Малер переносил время приема — возможно, по причине плохого самочувствия из-за недавно перенесенной ангины — но, наконец, сел в поезд, отправляющийся в Лейден. Существуют три различных рассказа о встрече этих великих людей — Фрейда и Малера. Первый из них принадлежит биографу Фрейда Эрнесту Джонсу, второй — ученице Фрейда Мари Бонапарт, третий рассказ принадлежит перу самого Фрейда и содержится в его письме страстному почитателю Малера психоаналитику Теодору Райку.
Джонс пишет: «В это время у крупного композитора Густава Малера возникли сложности в отношениях с женой, и ее родственник, венский психоаналитик доктор Непаллек, посоветовал Малеру обратиться к Фрейду. Малер, находившийся в то время в Тироле, послал Фрейду телеграмму с просьбой о консультации. Вообще Фрейд крайне неохотно прерывал отдых ради выполнения профессиональных обязанностей, но такому человеку, как Малер, он не мог просто так отказать. В ответ на телеграмму Фрейда с указанием места и времени встречи последовала телеграмма Малера, в которой он отказывался прибыть на консультацию. Затем вновь пришла телеграмма от Малера, и опять все повторилось. Малер страдал комплексом сомнения на почве невроза принуждения: история с телеграммами повторилась трижды. Наконец, Фрейд сообщил Малеру, что последняя возможность для встречи представится в августе, поскольку затем он намеревается посетить Сицилию. Они встретились в лейденском отеле и провели четыре часа, гуляя по городу. При этом Фрейд проводил своеобразный психоанализ. Хотя Малер до этого дня не имел никакого отношения к психоанализу, он, по словам Фрейда, ухватил его суть быстрее, чем кто-либо другой до него. На Малера очень большое впечатление произвело такое замечание Фрейда: «Я предполагаю, что Вашу мать звали Мария. Я делаю такой вывод из различных намеков, сделанных Вами во время нашей беседы. Как же Вы могли жениться на женщине с другим именем, на Альме, если мать играла доминирующую роль в Вашей жизни?». Тогда Малер сказал, что его жену зовут Альма Мария, и он называет ее Мари! Она дочь известного художника Шиндлера, чей памятник установлен в Венском городском парке. Так что и в ее жизни имя сыграло особую роль. Эта аналитическая беседа, похоже, принесла положительный результат, так как Малер вновь обрел потенцию и его брак оставался счастливым вплоть до его смерти, последовавшей год спустя».
В ходе многочасовой беседы Фрейду действительно удалось успокоить Малера. Его очень беспокоила большая разница в возрасте, но Фрейд заверил Малера, что именно это сделало его привлекательным для молодой, образованной и красивой женщины. И вышло так, что Альма, любившая отца, могла привязаться только к такому мужчине, который представлял бы для нее замену отцу, в то время как Малер, очень привязанный к своей страдавшей и печальной матери, искал в жене ее отражение. Когда Малер рассказал жене о результатах этого психоанализа, она написала в дневнике: «Как прав Фрейд в обоих случаях! Когда он познакомился со мной лично, он сказал, что хотел бы видеть меня более «исстрадавшейся» — именно так звучали его слова!
Я же всегда искала невысокого, приземистого мужчину, мудрого, превосходящего меня по интеллекту — именно те черты, которые я любила и ценила в своем отце».
Письмо Фрейда его ученице Мари Бонапарт касалось другой стороны жизни Малера — музыки. Эта область находилась на периферии интересов психоаналитика, и, очевидно поэтому, его вывод далеко не бесспорен: «По ходу беседы Малер вдруг сказал, что теперь он понимает, почему его музыка в самых возвышенных местах, вдохновением для которых послужили самые глубокие чувства, никогда не могла достичь желанного совершенства, почему всегда примешивалась какая-то вульгарная мелодия, которая все портила. Его отец, по-видимому, человек грубый, плохо обращался со своей женой, и, когда Малер был еще маленьким мальчиком, между ними разыгралась особо отвратительная сцена. Для малыша это зрелище было невыносимо, и он убежал из дому. Но в этот самый момент послышался звук шарманки, которая играла известную песенку «Ах, мой милый Августин». Теперь Малер посчитал, что в этот момент в его душе глубокий трагизм неразрывно переплелся с поверхностной развлекательностью, и с тех пор первое настроение всегда неизбежно тянуло за собой второе».