Упрекал ли себя Петр в собственной близорукости? Несомненно. По тому, как в последующем он болезненно реагировал на всякое упоминание о Мазепе и без устали требовал его пленения, чувствуется, что собственная промашка, и даже не промашка — ослепление сильно уязвило его. Причем это был не первый случай в его жизни. Так, под Нарвой к шведам бежал его любимец, капитан Ян Гуммерт. Петр долго приходил в себя, затем распорядился перед домом предателя в Москве повесить куклу, изображающую лифляндца. Получилось, что невольно устроил генеральную репетицию позорной «казни» Мазепы, хотя, конечно, масштабы произошедшего в 1700-м и 1708 годах несопоставимы.
Растерянность по поводу бегства гетмана не помешала молниеносно отреагировать на его поступок. Если измена Мазепы может принести большой ущерб, то необходимо свести его до минимума. И главное здесь — Батурин с его складами продовольствия и огневых припасов. Захват его шведами равносилен если не краху, то сотрясающему удару по всей стратегии «оголожения».
Операция была поручена Меншикову. Александр Данилович не мешкал. 2 ноября после двухчасового боя замок был взят. Помогла помощь одного из сотников Прилуцкого полка, И. Носа, указавшего на тайную калитку в ограде замка. Пробравшиеся через нее солдаты ударили в тыл сердюкам. Батурин пал. Поскольку после его взятия сохранилась угроза захвата замка шведами, было принято решение придать огню все запасы, накопленные с таким тщанием хозяйственным Мазепой. Карлу и Мазепе должен был достаться не замок с припасами, а пепел и руины.
Меншиков придал акции устрашающий характер — захват крепости сопровождался поголовным избиением не только защитников, но и мирного населения. Петр одобрил действия Светлейшего. И хотя в те времена не было сформулировано понятие военного преступления, истребление мирных жителей именно таковым и было. Несомненно, карательная акция должна была напугать казаков и заставить их отступиться от своего гетмана. «Батурин в знак изменникам (понеже боронились) другим на приклад сжечь весь», — писал царь. Но дело здесь не просто в ненависти к Мазепе. Так в те времена было принято поступать, нейтрализуя пагубные последствия измен подобного масштаба. Мазепа принял это сразу — а что иное ему следовало ожидать? — выдвинув довод, который в последующем станут тиражировать некоторые историки для оправдания равнодушия украинского народа к судьбе гетмана и его варианту «незалежности». Сраженный известием о разорении «столицы», Мазепа признался Орлику: «Злые и несчастливые наши початки! Знатно, что бог не благословит моего намеренья». После этого горького признания последовало важное добавление: «В нынешнем нашем несчастном состоянии все дела иначе пойдут, и Украина, Батурином устрашенная, боятися будет едно с нами держаться».
Казаки, и правда, в общей массе не поддержали Мазепу. Тем не менее судьба Батурина вряд ли устрашила бы тех, кто всем сердцем сочувствовал замыслам гетмана. Напротив, расправа должна была породить взрыв народного возмущения. Но этого не случилось. Последующее «малолюдство» Мазепы — следствие не страха перед московскими полками и не «батуринского устрашения», а неприятия народом Украины пути к «освобождению», который им предложил Мазепа. По-видимому, прав украинский историк Д. И. Яворницкий, автор капитального труда по истории Запорожской Сечи, что «идеалом простой казацкой массы было сохранить вольность предков, но под верховенством „доброго и чадолюбивого монарха российского“».