В новейшей украинской историографии «батуринское устрашение» вместе с жесточайшим разорением ряда городков, занятых запорожцами и сторонниками Мазепы, трактуется чуть ли не как свидетельство геноцида в отношении украинцев. Едва ли стоит спорить с подобными высказываниями, сделанными в духе трактовки рядом политиков «голодомора» 1930-х годов. Сколь ни печальна эта страница в русско-украинской истории, украинское казачество и селянство участием в войне со шведами дали исчерпывающий ответ на вопрос о своих приоритетах и предпочтениях. Недоумение вызывает выборочный характер обвинения в небывалой жестокости только одной — русской — стороны. При этом как-то забывается об аналогичных расправах союзника Мазепы, шведов, которые без всякого суда и следствия вешали и насаживали на штыки сначала польских, затем белорусских, великорусских, а позднее и украинских крестьян, заподозренных в нелояльности к незваным пришельцам. Царь Петр, убедившись, что малороссийские подданные не изменили, скоро опомнился и под страхом смерти запретил насилия и грабежи; шведы, напротив, столкнувшись вместо повиновения с сопротивлением, обрушились на население с репрессиями. Так что тезис о «лояльности» и «толерантности» шведов к местному населению, как к подданным союзного правителя, плохо согласуется с фактами. Пастор Даниэль Крман, отправленный «послом» от словацкой евангелической церкви к общему защитнику веры Карлу XII, писал, что король «села и города приказал разорять, а хаты сжигать. Где находил жителей, там убивал их…». Приказ короля выполнялся неукоснительно. Некто полковник Функ, удостоенный чести попасть в летопись похода, в одном только городке Терее перебил больше тысячи человек; он же испепелил несколько деревень и «велел перебить всех, кто повстречался, чтобы внушить страх другим».
Состоявшаяся в начале ноября в Глухове рада лишила Мазепу гетманства. Устроители не отказались от символического жеста — на эшафоте была повешена кукла изменника, с которой предварительно Меншиков и Головкин сорвали ленту ордена Андрея Первозванного. 8 ноября был избран новый гетман, стародубский полковник Иван Ильич Скоропадский. На него указал сам царь. К этому времени Петр получил немало доказательств того, что казаки остались верными присяге. Это умерило его гнев. Без пролития крови, впрочем, не обошлось: на площади в Глухове были четвертованы комендант Батурина Чегель и несколько других сторонников Мазепы. Позднее заработала Лебединская следственная комиссия, с пристрастием допрашивавшая всех заподозренных в сочувствии к замыслам Мазепы.
12 ноября в Троицкой церкви новый гетман принес присягу. Тогда же в церквях провозгласили анафему Мазепе, попавшему в одну «компанию» с Григорием Отрепьевым и Степаном Разиным.
Конец 1708-го — начало 1709 года прошли в «войне универсалов». По всей Левобережной Украине расходились гетманские и королевские обращения с призывами последовать за «ясновельможным гетманом Мазепой» и отложиться от царя. Мазепа особенно муссировал тему разорения и «московской тирании», напирал на непобедимость и благородство шведов. Универсалам противостояли царские указы с разоблачением изменнических замыслов Мазепы, вознамерившего «Малороссийскую землю поработить по-прежнему под владенье польское». Петр не лукавил. Может быть, Мазепа и не против был объявить своим «потентантом» шведского короля, но к этому, похоже, не стремился сам Карл. В силу ничтожной помощи, полученной от гетмана, для него куда важнее было подкрепить авторитет своего ставленника Станислава Лещинского. А что в глазах переменчивых, но алчных подданных Лещинского могло бы возвысить нового польского короля, как не возвращение в объятия Речи Посполитой Украины со всеми ее «маетностями» и «селянством»?
Гетман, памятуя о жгучей ненависти казачества к «панам», старательно скрывал свои связи со Станиславом Лещинским. Но, видно, если не везет, то не везет во всем. Авторитету Мазепе в глазах казачества чрезвычайно повредило перехваченное письмо к польскому правителю. Петр не отказал себе в удовольствии сделать его текст всеобщим достоянием. В письме Мазепа именовал себя не иначе как верным подданным и слугою Станислава Лещинского и призывал его спешить с войском на Украину на помощь шведскому короля. Особенно резало ухо простым казакам утверждение гетмана об Украине, бывшей издавна «достоянием отцов и дедов польских королей». После такого трудно было поверить в искренность заявлений Яна Мазепы — так на польский лад новый подданный подписал свое послание, — будто бы он всерьез вознамерился добиться для Отчизны свободы и независимости. «…И для того указал царское величество во обличении того его злого умысла о запродании малороссийского народа под иго польское. Выдать ко всему малороссийскому народу, дабы ведали, что он изменник неправо в универсалах своих с клятвою писал, обнадеживая будто для пользы и вольностей малороссийского народа он ту измену учинил», — объявлено было по этому поводу в царском указе.
