Якоб Бёме создал учение о трех началах Божественного Существа или трех сосуществующих мирах — вечном мире тьмы, в котором полыхает черный огонь преисподней, мире ангелов (света и любви) и временном видимом мире, происходящем из двух указанных и отражающем их. Великая тайна или Mysterium Magnum (заглавие одной из книг Бёме) проистекает от двух первых начал и охватывает видимый тварный мир. Великая тайна — вечная природа, мать всех живых существ, еще не сформированная материя. Вслед за Парацельсом и Вейгелем Бёме видел в первичной материи первоисток жизни, в свою очередь проистекающий из божественного небытия. Процесс творения и развития видимого мира — Божественная Игра («дабы Небытию было над чем работать и во что играть»). В непроявленной массе первоматерии Бог соединил и противопоставил элементы таким образом, чтобы «Великая тайна перешла к химической делимости» и «невидимое духовное сделалось видимым во времени и через время».
Э. Хирш считал Я. Бёме высшим пунктом духовного движения, проистекавшего из Реформации Лютера. Действительно, Якоб Бёме — важнейшее соединительное звено в ряду мыслителей и мистиков от Экхарта до Бубера. «Он связал идеи Экхарта, Николая Кузанского, Парацельса и Лютера и оформил их в единую теософию, которая стала восприниматься в целом в качестве специфически немецкого вклада в историю мысли».
Почти все исследователи творчества Бёме подчеркивают жар его души и поэтичность его творчества в совокупности с волей, с которой он стремился к Богу.
Страстное слово Я. Бёме, призывающее к внутренней трансформации, пламенной любви, пробуждению от летаргического сна животной жизни, реформированию закосневшей церкви, не мог быть не услышан. Свидетельствует Э. Хирш:
«Мощь и глубина его духа… оказали огромное влияние на всех тех, кто был охвачен религиозным беспокойством, кто пытался выйти за пределы церкви и церковного пиетизма в нашу эпоху. С точки зрения истории теологии его можно считать отцом радикального пиетизма».
Духовный, мистический и религиозный опыт Европы XVII–XVIII веков во многом формировался под влиянием гёрлицкого философа — малоизвестного при жизни сапожника, ставшего писателем и философом в течение одной ночи. Даже эпоха Просвещения и рационализм, Декарт, Лейбниц и Ньютон считались с Бёме как с высоким собеседником. Еще в годы ученичества Исаак Ньютон обратил внимание на «тевтонского философа», учащего «слышать» голос Библии, видящего в писательстве род служения Богу и людям. Существует целый ряд работ, свидетельствующих о воздействии идей неизвестного при жизни гёрлицкого сапожника на выработку концепции гравитации:
Ньютон, большой философ, необходимым образом должен был тщательно исследовать творчество Якоба Бёме, потому что в своем учении о тяготении он именно у него нашел свой первый материал.
Джон Мильтон и Уильям Блейк претворили многие идеи Я. Бёме в собственном поэтическом творчестве. В Англии почитатели Я. Бёме создали общину «филадельфов» во главе с доктором Д. Пордейджем и миссис Д. Лид. Поэты и мыслители немецкого романтизма (Тик, Новалис, Шеллинг, Баадер и др.) воспринимали «гёрлицкого мужика» как носителя тайного знания и герольда «Нового царства». Воспевая провозвестника «Утренней Зари», Новалис в посвященном Людвигу Тику стихотворении писал:
В крестном отце германского ренессанса Франце Баадере Август Шлегель увидал «воскресшего Бёме». Действительно, познакомившись с работами «старого сапожника», знаменитый мюнхенский теолог почти полностью отошел от мыслительного мира Фихте и Канта, объявив себя исполнителем завещания Якоба Бёме. Он счел исполненными все пророческие указания Гёрлицкого мистика о всеобщем обновлении человеческого духа (Реформации).
Приверженцем Я. Бёме объявил себя также Ф. Шеллинг, в своей «Философии откровения» воздвигший настоящий памятник «чудо-человеку»:
«Нельзя не сказать о Якобе Бёме, что он в истории человечества своего рода чудо, и чудо прежде всего в истории немецкого духа. Если когда-нибудь удастся забыть, какие сокровища духа и сердца лежат в глубинах природы немцев, достаточно будет вспомнить о нем, который, вопреки вульгарно-психологическому объяснению, был по-своему настолько же возвышен, насколько немыслимо объяснить мифологию из обычной психологии. Как и мифология, так и Якоб Бёме с его рождением Бога, таким, каким он описывает его нам, превосходит все научные системы новейшей философии».
Свидетельствует Г. Вер:
