В тот день, 31 мая 1944 года, нарком ВМФ удостаивается аудиенции у Сталина продолжительностью в полтора часа. Разумеется, не для поздравлений со вступлением в сверхэлитарный «маршальский клуб». Помимо чисто оперативных задач, связанных с обеспечением полярных конвоев, взаимодействием Балтийского флота в предстоящей Прибалтийской операции и действиями Черноморского флота при освобождении Одессы и Крыма, обсуждалось послевоенное развитие ВМФ. В частности, Кузнецову поручили подготовить обстоятельный доклад по оценке качеств кораблей довоенный постройки в ходе боевых действий, уделив особое внимание вскрытым недостаткам.
Возможно, получая погоны, Кузнецов думал, что Сталин предал забвению трагическую потерю на Черном море в октябре 1943 года лидера и двух эсминцев, к которой нарком имел самое непосредственное отношение, но он ошибся. Уже 2 марта Сталин объявил ему выговор (постановление ГКО № 5278) «за непринятие мер к предупреждению неправильных действий командования Черноморского флота при подготовке и проведении операций кораблей». В течение марта 1944 года Кузнецов — снова частый гость в рабочем кабинете Сталина. Он побывал там четырежды, проведя в общей сложности около пяти часов.
А 31 марта вышла директива Ставки ВГК, которая вводила новые принципы управления ВМФ и их взаимодействия с другими видами Вооруженных сил. Отныне Черноморский, Северный флоты и Беломорская флотилия подчинялись напрямую наркому. Что касается Балтийского флота, то он по-прежнему оставался в подчинении у Ленинградского фронта. Этой же директивой нарком ВМФ объявлялся и главнокомандующим ВМФ. С возвращением в оперативное подчинение воюющих флотов Кузнецов и Главный Морской штаб должны были самостоятельно разрабатывать крупные операции, полностью отвечая за их проведение и лишь согласовывая их с Генштабом или командующими фронтами на местах.
Когда в 1944 году Сталин принял решение об организации Суворовских училищ, Кузнецов немедленно предложил создать и военно-морские, назвав их в честь адмирала П. С. Нахимова. Первое было открыто в Тбилиси, второе — спустя несколько месяцев в Ленинграде, а третье — в 1945 году в освобожденной Риге. И вновь примечательная деталь: в 1944 году Кузнецов предложил исполкому Ленинградского горсовета установить навечно, как памятник, Краснознаменный крейсер «Аврора» на Неве у Петроградской набережной по реке Большая Невка. Там, напротив здания Ленинградского Нахимовского училища, знаменитый крейсер стоит и поныне.
В развитие директивы Ставки от 31 марта 5 апреля Кузнецов подписал приказ о формировании морских отделов и морских групп. Положение о морских отделах утвердили начальники Генерального и Главного Морского штабов, что значительно улучшило взаимодействие этих органов. Впоследствии проекты оперативных директив Верховного Главнокомандующего, где ставились задачи флотам, стали разрабатываться непосредственно в Главном Морском штабе, а затем его начальник или сам Кузнецов согласовывали их с начальником Генштаба, после чего они поступали на подпись Сталину.
Для Кузнецова 1944 год отмечен двумя государственными наградами. В июле он одним из первых был удостоен ордена Ушакова I степени, а в ноябре ордена Красного Знамени. Тогда же от имени трудящихся города Златоуста ему был вручен именной почетный кортик.
Описывая в своих воспоминаниях 1944 год, Кузнецов все время отмечает, что Сталин именно тогда стал обращать внимание на моряков, выделять их, не скупясь на поощрения и награды. Характерный эпизод: «Я был у Сталина, когда командующий Карельским фронтом по телефону докладывал об освобождении Петрозаводска.
— Говорите, моряки отлично действовали? — переспросил Верховный и после некоторой паузы добавил:
— Хорошо, это будет особо отмечено в приказе».
