Похоже, однако, Кузнецов в этот период чересчур уверовал в особую миссию своего ведомства, что вызвало конфликты на самом высоком уровне. Так, осенью 1944 года разгорелся нешуточный скандал между наркоматами ВМФ и морского флота из-за портового буксира «Беломорец». Изначально он принадлежал Наркомморфлоту, но с началом войны вместе с четырьмя другими был включен в состав Северного флота. Осенью 1944 года в Мурманском порту сложилась критическая ситуация. Из-за изношенности механизмов сразу два портовых буксира встали на ремонт, и оставшийся маломощный буксир «Кола» не мог справиться с обработкой прибывающих в большом количестве транспортов союзных конвоев. При этом буксиры, переданные Северному флоту, по мнению руководства порта, не были загружены. Оно пыталось договориться с его командующим, а потом с наркомом ВМФ о временной (до окончания ремонта двух буксиров) передаче им «Беломорца» из Беломорской военной флотилии. На эту просьбу Кузнецов ответил категорическим отказом, после чего руководство Наркомата морфлота обратились за помощью в Совнарком. Дело рассматривали лично Ворошилов и Микоян. В результате появилось специальное распоряжение за подписью Ворошилова, в котором Кузнецову предписывалось в трехдневный срок возвратить Мурманскому порту буксир «Беломорец» на время ремонта портовых буксиров. Речь шла о военных ленд-лизовских грузах…
Противодействовал Кузнецов и передаче Речного аварийно-спасательного управления (РАСУ) Волжского, Донского и Днепровского бассейнов (то есть уже освобожденных районов) из наркомата ВМФ в наркомат речного флота. В результате вопрос решился постановлением ГКО от 5 августа 1944 года.
Притом, когда Кузнецов видел в сотрудничестве со смежными наркоматами пользу для себя, он вполне умел договариваться, а если надо, без всяких сантиментов обращался в вышестоящие инстанции. Так, осенью 1944 года, после освобождения Севастополя, возник вопрос о размещении в Балаклавской бухте бригады торпедных катеров. Быстро решить его можно было, только передав Наркомату ВМФ территорию, причалы, здания и сооружения местного рыболовного завода, а штольни Инкерманского завода шампанских вин — под торпедный арсенал. Кузнецов лично встретился с наркомом рыбной промышленности А. А. Ишковым, наркомом пищевой промышленности В. П. Зотовым и первым секретарем Крымского обкома ВКП(б) П. Ф. Тюляевым. Зотов повел себя так же, как сам Кузнецов в аналогичной ситуации с буксиром «Кола». Теперь уже Кузнецову пришлось обратиться за справедливым решением, причем даже не в Совнарком, а в ГКО. В результате упрямый нарком пищевой промышленности был немедленно «поставлен на место» и три четверти штолен были переданы Наркомату ВМФ.
Хозяйственная рутина, особенно на фоне драматизма боевых действий, особого внимания историков не привлекает. Однако именно в ней проявляется отношение руководителя к своему делу. Кузнецов, ревностно отстаивая интересы своего ведомства, в иных случаях мог выступить и заодно с другими наркомами.
