С начала 1945 года достаточно успешно действовали подводные лодки, получившие после заключения мира с Финляндией возможность выходить в открытое море. Основными районами действий были подходы к Либаве и Данцигской бухте, откуда осуществлялась массовая эвакуация живой силы и вооружения противника. Наибольший успех здесь достигла подводная лодка С-13 под командованием капитана 3-го ранга А. И. Маринеско. Она 30 января потопила к северо-западу от Данцигской бухты лайнер «Вильгельм Густлов» водоизмещением в 25,5 тысячи тонн, на борту которого находилось более 6 тысяч германских военнослужащих. А 9 февраля она же пустила на дно пароход «Генерал Штойбен» водоизмещением в 14,5 тысячи тонн, перевозивший около 4 тысяч человек. К концу марта советские войска полностью очистили от противника Восточную Померанию.
В последних числах марта Кузнецов выехал на Балтийский флот, которому надлежало содействовать наступавшим вдоль морского побережья войскам своей авиацией, высаживать десанты, уничтожать боевые корабли и транспортные суда противника.
К тому же Кузнецов торопился образумить командующего Балтфлотом Трибуца, который порывался вывести в море эскадру во главе с линкором «Октябрьская революция». Никакой необходимости рисковать большими боевыми кораблями в условиях практически тотального минирования Финского залива не было, Трибуц же стремился таким образом поднять у подчиненных «моральный дух». Объяснение, прямо скажем, спорное: победной весной 1945 года он и так был весьма высок. Разумеется, реальным мотивом адмирала было продемонстрировать свои флотоводческие способности и активность флота, который практически всю войну простоял в Кронштадте и на Неве. Любой ценой. Страшно представить, что произошло, если бы Кузнецов не пресек эту авантюру. Притом что, действуя в 1945 году авиацией, подводными лодками и торпедными катерами, флот и так добился неплохих результатов.
В апреле Балтийскому флоту была поставлена задача содействовать армии в ликвидации окруженных группировок противника в районах Кенигсберга, Пиллау (Балтийск), Свинемюнде и Хела. За четыре месяца подводники потопили 26 транспортов (по другим данным, результат был более скромным — 13 транспортов общим водоизмещением более 73 тысяч тонн). На минах, выставленных лодками, подорвались 9 немецких кораблей и транспортов. Наши потери в 1945 году составили одну подводную лодку.
Активные боевые действия на морских сообщениях противника и особенно на подходах к Либаве вели и торпедные катера. Как никогда успешно действовала флотская авиация. Она наносила удары по транспортам противника в портах и на море, минировала фарватеры на подходах к портам.
И все же, несмотря на очевидные успехи, Балтфлоту так и не удалось полностью блокировать с моря курляндскую группировку противника.
Еще одной важной задачей балтийцев весной 1945 года стало противодействие немецким крейсерам, обстреливавшим приморский фланг наших наступающих армий.
Более эффективны стали десантные операции: 26 апреля 1945 года — на косе Фрише-Нерунг под Кенигсбергом, а 9 мая на острове Борнхольм. Всего, по оценке Н. Г. Кузнецова, в результате действий всех сил Балтийского флота противник в 1945 году потерял около 150 судов общим водоизмещением 406 тысяч тонн и 98 боевых кораблей, катеров вспомогательных судов.
Несомненно, в 1945 году Балтийский флот внес значительный вклад в дело окончательного разгрома фашистской Германии.
Большую поддержку в 1945 году наступающим войскам оказала переподчиненная наркому ВМФ Дунайская флотилия. В конце 1944 — начале 1945 года она сыграла важную роль во взятии Будапешта, в январе — феврале осуществляла массовую перевозку через Дунай личного состава и боевой техники.
В самый разгар боев за Будапешт Кузнецов по только ему одному понятным соображениям, безо всяких объяснений, сменил опытного и грамотного командующего флотилией вице-адмирала С. Г. Горшкова, назначив его командующим эскадрой Черноморского флота. Поскольку на Черном море к тому времени боевые действия уже несколько месяцев как завершились, отзыв с воюющей флотилии в тыл был явным понижением.
Вместо Горшкова командующем флотилией стал гораздо менее опытный контр-адмирал Г. Н. Холостяков. Поскольку Горшков был убран с флотилии в тот момент, когда она шла победным маршем по Дунаю, освобождая одну европейскую столицу за другой, такое отношение к себе он воспринял крайне негативно. Среди ветеранов ВМФ бытует мнение, что обидчивый Горшков так и не смог простить это Кузнецову.
В марте — апреле совместно с войсками 2-го и 3-го Украинских фронтов Дунайская флотилия участвовала в Венской наступательной операции, которая привела к освобождению западной части Венгрии, придунайских районов Чехословакии и Австрии.
