В 1952 году Кузнецов по заданию Сталина взялся за перспективную программу военного судостроения на 1955–1964 годы. Если прежний десятилетний план предполагал создание флота, который мог бы доминировать в водах, омывающих Советский Союз, и являться учебной базой для офицеров будущего океанского флота, то теперь речь шла о мощнейшем океанском ракетоносном ВМФ, достойном сверхдержавы. Новая программа предусматривала создание авианосцев, ракетно-артиллерийских крейсеров и эсминцев, больших десантных кораблей и других современных боевых кораблей, а также атомного подводного флота.
Самые мощные, дорогие и сложные корабли предполагалось строить к концу программы. Это объяснялось теми же факторами, что и раньше: накоплением мощи судостроительной промышленности, профессионализма и опыта конструкторов, инженеров и рабочих, а также готовности смежников. В мае 1952 года Кузнецов, уже вместе с Головко, предложили «приступить к проектированию и строительству легкого авианосца и палубного самолета-истребителя». Однако для этого пришлось бы отказаться от постройки большей части новых тяжелых крейсеров — любимого детища Сталина. Вождь снова запросил мнение Министерства судостроения, и там снова заявили, что для старта программы потребуется еще несколько лет. На этом вопрос был в очередной раз закрыт. А вскоре Головко был направлен на Балтику. Его сын М. А. Головко полагал, что понижение было связано с интригами вокруг «авианосной» инициативы: «В 1952 года последовал наш внезапный отъезд на Балтику. О неожиданном назначении туда (отца) командующим флотом мы узнали летом, находясь в отпуске, в Сочи. Для него это было понижением в должности, он переживал и в то же время считал, что на флоте, вдали от московских интриг служить ему будет проще».
Скорее, дело в другом. Далеко не всегда хороший командующий флотом оказывается сильным штабистом. К тому же Головко определили на самый молодой флот, находящийся в стадии формирования и становления. Учитывая огромный опыт командования Северным флотом, адмирал Головко являлся лучшей из возможных кандидатур. Причем Сталин дал ему возможность поработать вместе с Кузнецовым, пока тот входил в курс дел на посту министра. Новым начальником Морского Генерального штаба ВМФ был по ходатайству Кузнецова назначен вице-адмирал В. А. Фокин.
В июле 1952 года начался новый этап противостояния Кузнецова и Малышева. Заслушав 20 июля руководство Морского Генерального штаба и Главного оперативного управления о ходе реализации десятилетней программы кораблестроения, Кузнецов пришел к выводу, что ее необходимо срочно корректировать. Уже 31 июля 1951 года он направил Берии, Булганину и Маленкову, кураторам министерства от Политбюро, докладную «Об основных недостатках по оружию и технике военно-морских сил и предложения по их устранению».
Министр указал на недостатки кораблей устаревших проектов, критиковал их низкие мореходные качества, слабость зенитного и противолодочного вооружения, ненадежность машин. В чем-то критика было справедлива, в чем-то министр «перегибал палку». Общая тональность документа выдержана, как говорится, на грани фола. Разумеется, он вызвал резкую реакцию Малышева.
Сталин вынес письмо на рассмотрение на заседании Президиума Совета Министров 7 августа. После его обсуждения Малышев (по совместительству зампред Совмина) предъявил Кузнецову политические обвинения: искажение общей картины, преднамеренное преувеличение недостатков, имеющихся в судостроительной промышленности: «Охаивание кораблей и оружия военно-морским министерством в последнее время проводится систематически и непрерывно, что указывает на наличие определенной линии в военно-морском министерстве в этом вопросе. Такая линия неправильно ориентирует работников военно-морского министерства и личный состав кораблей, вселяя неверие в корабли и оружие, дезориентирует работников промышленности, создавая у них неуверенность в полезности и целесообразности выполняемой ими работы»[89].
