В отсутствие Хозяина министры схватились не на шутку. Ни о сотрудничестве, ни о компромиссах оба слышать не желали, что явно не шло на пользу делу. Судостроительная промышленность по-прежнему едва справлялась с заказом ВМФ. Доработкой нового оружия и техники занимались. Однако мгновенно решить все проблемы было невозможно. И, будь взаимоотношения между министрами более конструктивными, кораблестроители занялись бы решением задач по степени их важности.
В начале февраля 1953 года от Кузнецова снова потребовали корректировки кораблестроительной программы. На совещании 19 февраля 1953 года заместитель председателя Совмина Берия, куратор оборонной промышленности, предложил ввести в строй в 1953–1956 годах 400 подводных лодок за счет крейсеров и некоторых типов гражданских судов. На сокращение строительства крейсеров Сталин не пошел и принял решение ограничиться заложением 150 подлодок. На этом же совещании были одобрены предложения Кузнецова о строительстве десантных кораблей. Для подготовки проектов были созданы две комиссии. В комиссию по строительству подводных лодок вошли: Н. А. Булганин (председатель), Л. П. Берия, Г. М. Маленков, В. А. Малышев, Н. Г. Кузнецов и маршал А. М. Василевский. В другую, по строительству десантных судов, включили заместителя министра судостроения И. И. Носенко и вице-адмирала В. А. Фокина. В конце февраля 1953 года постановления ЦК КПСС и Совета Министров СССР по данным вопросам были приняты.
Между тем на Западе с тревогой следили за быстрым ростом ВМФ СССР. Начальник морских операций ВМС США 11 декабря 1953 года заявил в открытой печати: «В недалеком будущем Военно-морской флот СССР сможет представлять бóльшую опасность, чем его авиация и сухопутные силы. В один прекрасный день советский флот может выйти из своих закрытых проливами морей и поставить под угрозу все мировые морские пути сообщений». Это более чем красноречивая оценка десятилетнего кораблестроительного плана, который реализовался при самом деятельном участии Николая Кузнецова.
Стремительное послевоенное превращение вчерашних союзников в потенциальных противников заставило СССР включиться в гонку вооружений, прежде всего ядерных. Эта гонка коснулась и подводного флота. В июне 1952 года на верфи в Гротоне была заложена первая американская атомная подводная лодка «Наутилус».
Советский Союз был готов к ответу. Еще в 1947 году член-корреспондент АН СССР А. П. Александров предложил начать практические работы в этом направлении. К концу 1949 года было предложено несколько вариантов атомных установок: с графитовым замедлителем и гелиевым охлаждением, с графитовым замедлителем и водяным охлаждением, с бериллиевым замедлителем и гелиевым охлаждением и, наконец, с водой в качестве и замедлителя, и охладителя.
В архиве Курчатовского института хранится письмо А. П. Александрова к академику И. В. Курчатову, написанное в августе 1952 года и озаглавленное «Соображения по работе транспортных агрегатов для подводных лодок».
В начале сентября Курчатов, Александров и профессор Н. А. Доллежаль направили Сталину докладную записку о необходимости создания атомной подводной лодки, подкрепленную практическими расчетами. Их предложение было поддержано заместителем председателя Совета Министров Малышевым, с запиской был ознакомлен и Кузнецов.
Изучив 9 сентября 1952 года докладную записку, Сталин подписал постановление Совета Министров СССР «О проектировании и строительстве объекта № 627» (такой шифр был принят для обозначения первой атомной подводной лодки). Решив вопрос с ядерным оружием, СССР направлял финансы и средства на создание атомной субмарины.
Научным руководителем работ был назначен А. П. Александров, главным конструктором — В. Н. Перегудов, главным конструктором энергетической установки — Н. А. Доллежаль. Проектом занялось Специальное конструкторское бюро (СКБ-43), созданное в системе Минсудпрома.
С началом 1953 года работы по созданию атомной подводной лодки развернулись полным ходом.
Участие Кузнецова в создании подводного атомного флота на сегодняшний день мало изучено и вызывает споры. Так, невестка и хранительница архива Н. Г. Кузнецова Р. В. Кузнецова утверждает, что это направление с самого начала было приоритетным для Николая Герасимовича, который сразу оценил его значение для будущего советского океанского флота. Действительно, существует записка адмирала Галлера, переданная Кузнецовым И. В. Сталину еще осенью 1946 года. Там предлагалось создать при главкоме ВМС специальный совет, включающий ученых-физиков, которые бы занялись вопросами «применения внутриядерной энергии для движения» кораблей. Записка Галлера явилась результатом полученной разведывательной информации о соответствующих работах в США. Предложение Галлера особого внимания у Сталина не нашло по вполне понятной причине — в тот момент все финансы и средства выделялись исключительно на быстрейшее создание атомной бомбы.
