Дальше — больше. По итогам съезда Кузнецов был избран в состав ЦК ВКП(б). При этом, несмотря на то что кампания по обмену партийных билетов закончилась в 1936 году, Кузнецову, как новому члену ЦК, выдали новый партбилет за № 34. Таким образом, было фактически определено его место в партийной иерархии. Отметим, что ни нарком ВМФ Фриновский, ни один из его заместителей (не говоря уже о командующих флотами) в члены ЦК не вошли. Теперь уже ни у кого не оставалось сомнений, что именно Кузнецов в ближайшее время возглавит Наркомат ВМФ. Не мог этого не понимать и мастер закулисных интриг, старый чекист Фриновский.
Далее события развивались стремительно. После съезда Кузнецов заторопился было во Владивосток, но уехать не успел. Замещавший наркома П. И. Смирнов-Светловский приказал ему задержаться.
Ночью пришел приказ срочно прибыть в Кремль. Там Николая Герасимовича принял Сталин. Кузнецова он встретил, стоя у длинного стола, за которым сидели несколько членов Политбюро, и некоторое время молча смотрел на прибывшего, как бы изучая. После этого начал задавать вопросы о службе на Тихом океане, о работе наркомата. И спросил:
— Как вы смотрите на работу в Москве?
— В центре я не работал, да и не стремился к этому, — честно ответил Кузнецов.
На этом визит завершился.
На следующее утро Кузнецова вызвали на экстренное заседание Главного военного совета ВМФ. Заседание открыл П. И. Смирнов-Светловский, сразу предоставивший слово А. А. Жданову.
— Предлагаю обсудить, соответствует ли своей должности первый заместитель наркома Смирнов-Светловский, — объявил неожиданно Жданов.
Председательствующий помрачнел и опустил голову. Прений не получилось. После паузы Жданов продолжил:
— В Центральном комитете есть мнение, что руководство наркоматом следует обновить. Предлагается вместо Смирнова-Светловского первым заместителем наркома назначить товарища Кузнецова.
Несколько голосов не очень уверенно поддержали предложение Жданова.
В тот же день Кузнецову вручили красный пакет с постановлением о его назначении на новую должность. Принять дела у Смирнова-Светловского не получилось, так как через день того арестовали.
Став первым заместителем народного комиссара Военно-морского флота, Кузнецов не увидел и самого наркома. Говорили, что Фриновский… отдыхает на даче. Не зная, с чего начинать, Кузнецов поехал к Жданову посоветоваться, как быть.
— Решайте сами, а по наиболее крупным или сомнительным вопросам звоните мне, — ответил тот. — Если будет надо, поможем.
Буквально спустя неделю, 3 апреля 1939 года, Кузнецову присваивают внеочередное воинское звание флагмана флота 2-го ранга. Иначе говоря, из контр-адмиралов он шагнул сразу в полные адмиралы, минуя звание вице-адмирала. Еще один карьерный рекорд. Как и прежде, воинское звание он получил не по выслуге и не за какие-то особые заслуги, а в соответствии с новой должностью. И если во многих аналогичных случаях офицеры годами ждут повышения в звании, то Кузнецов получал их молниеносно. Ясно, что обеспечивать подобный взлет вопреки всем положениям о прохождении воинской службы мог только Сталин.
Тогда же был арестован как враг народа Фриновский. Новым командующим Тихоокеанским флотом стал бывший черноморец И. С. Юмашев, а новым членом Военного совета — работник ЦК ВЛКСМ С. Е. Захаров.
Оставляя Дальний Восток, Кузнецов сумел доказать, что Владивосток следует полностью отдать военным морякам, а для гражданского флота построить новый порт в Находке. Поэтому, едва вступив в должность заместителя наркома, в марте 1939 года Кузнецов отправился вместе со Ждановым в Приморье. Вернувшись, они подтвердили правильность решения о разделе военного и гражданского портов. Седьмого октября 1939 года ЦК ВКП(б) и Совнарком приняли постановление № 1646–399 «О перенесении Владивостокского торгового и рыбного портов в бухту Находка». После этого в Находке приступили к возведению порта и города. Строились они силами заключенных. Одновременно начались работы по превращению Владивостока в полноценную главную базу океанского военно-морского флота.