В 1940 году Кузнецов решил создать также особое заведение, нечто среднее между обычным вузом и академией, — Высшее училище ПВО ВМФ. По замыслу наркома там должны были готовить техническую элиту для будущего флота. Набирали туда инженеров — выпускников технических гражданских вузов. Увы, судьба этого училища оказалась трагической. По странной прихоти наркома (если не сказать хуже) сверхэлитное заведение разместили в… Либаве (Лиепае), на территории Латвийской СССР, в 35 км от границы с Германией. Практически все курсанты первого набора погибли со своими преподавателями и командирами в первые же дни войны. Почему место было выбрано прямо на границе с Германией, Кузнецов в своих мемуарах не объяснил…
В целом в восстановлении флотского образования нарком проделал гигантскую работу. Однако ее результаты могли сказаться в лучшем случае лет через пять. А накануне войны ситуация выглядела по-прежнему плачевно. Когда в 1940 году по приказу Кузнецова решили проверить образовательный уровень сотрудников Главного Морского штаба и штабов флотов, обнаружились вопиющие факты. Военно-морские училища окончили всего 66 процентов, а Военно-морскую академию — только 8, причем в штабах Балтийского и Черноморского флотов — 4 процента. Каждый шестой штабной сотрудник вовсе не имел образования. С такими кадрами ВМФ СССР вступал в Великую Отечественную войну…
В целом же по ВМФ в 1940–1941 годах некомплект достигал 30 процентов. И хотя приходился он на береговые и тыловые части, в условиях приближающейся большой войны это была почти катастрофа. Изменить ситуацию пытались за счет перевода выпускников армейских училищ в береговые части, но у сухопутных сил и своих кадровых проблем хватало.