Взаимодействие с армией отрабатывалось только на уровне локальных операций. В сентябре 1939 года Кузнецов направил заместителя начальника ГМШ В. А. Алафузова на Днепровскую флотилию для отработки действий в погранрайонах Белоруссии и Украины. Опираясь на его доклад, нарком предложил перенести главную базу Днепровской флотилии в Пинск. Начальник Генерального штаба Б. М. Шапошников и Сталин с ним согласились. Однако, когда советские войска в сентябре 1939 года перешли польскую границу, ту же Пинскую флотилию в операции не задействовали.
Из воспоминаний Н. Г. Кузнецова:
«Я с возмущением заявил об этом Молотову, сказав, что если мне не доверяют, то я не могу быть на этой должности. Он в ответ предложил мне читать сообщения ТАСС, которые приказал посылать мне с этого дня. Но разве это дело — наркому Военно-Морского Флота узнавать о крупных военных и политических (особенно военных) событиях, которые его касаются, из иностранных источников?!
…Освобождение Бессарабии летом 1940 года происходило также без какого-либо планирования, подготовки и согласованности всех Вооруженных Сил. Вспоминаю, как уже в последний момент мне было сказано, что через несколько дней последуют определенные действия на суше против Румынии и Черноморскому флоту надлежит быть готовым выступить в случае серьезного сопротивления. Мне ничего не оставалось, как, быстро дав указания, самому выехать в Севастополь и лично обсудить все с комфлотом, а потом выйти на эсминце в Одессу для личной связи с находившимися там Тимошенко и другими армейскими начальниками»[34].
И это — несмотря на то, что в мае 1940 года Сталин поддержал инициативу Кузнецова о налаживании более тесного взаимодействия с РККА и утвердил разработанное им «Положение о взаимодействии Красной Армии и Военно-Морского Флота». Оно, как видно, осталось на бумаге. А Кузнецову пришлось заниматься собственно флотскими задачами.
В сентябре 1939 года он назначил начальником Военно-морской академии своего верного соратника — флагмана 1-го ранга Г. А. Степанова, подчинив ее непосредственно себе. Отныне все учебные планы и программы, планы НИР и отчеты Военно-морской академии он утверждал лично. Тогда же он поручил Гидрографическому управлению ВМФ подготовить и издать наглядное пособие в виде «Атласа командира ВМФ СССР» — полноценного справочника для командиров ВМФ по оперативным и навигационным расчетам.
Как нарком, Кузнецов оказался вовлечен и в дела большой политики. В августе 1939 года он участвовал в совещании с английской и французской военными делегациями в Москве. Готовя для начальника Генштаба данные о состоянии флотов Англии, Франции и Германии, он в очередной раз убедился, насколько отставал от них советский ВМФ.
Фактически еженедельно в наркомате проходили совещания по кооперированным поставкам для судостроения. От Кузнецова требовалось оперативно представлять на утверждение правительства проекты кораблей, планы создания военно-морских баз, судоремонтных заводов, доков, складов.
В октябре 1939 года нарком ввел в действие новый Корабельный устав ВМФ СССР, соответствующий реалиям будущего Большого флота. В ноябре он утвердил первую инструкцию по оперативным готовностям с целью предотвращения внезапного нападения. При этом изменять готовность командующие флотами могли только с ведома Наркомата ВМФ.
