В конце ноября 1939 года началась война с Финляндией. Нарком направил в Кронштадт на помощь Трибуцу своего первого заместителя Исакова и начальника ГМШ адмирала Галлера. Они должны были обеспечить взаимодействие Балтфлота с войсками Ленинградского военного округа. При поддержке флотской авиации, базирующейся в Эстонии, надводных кораблей и подлодок, базировавшихся в Таллине и Либаве, моряки-балтийцы успешно высадили десанты на острова Гогланд, Сескар, Лавенсаари. Тогда же у Кузнецова произошла первая серьезная стычка с армейскими руководителями. Армейский комиссар Л. З. Мехлис и маршал Г. И. Кулик попытались, минуя его, давать не слишком компетентные указания Трибуцу. Свои позиции Кузнецов отстоял, но одновременно приобрел двух влиятельных недругов, и в решающий момент это сказалось. Вскоре после начала боевых действий, 15 декабря 1939 года, была создана Ставка Главного военного совета, которая отобрала оперативное руководство Балтийским и Северным флотами у Наркомата ВМФ.
В войне с Финляндией Сталин поставил перед Балтийским флотом сразу семь серьезных задач. Первой и наиважнейшей считалось содействие Красной армии в наступлении вдоль Финского залива. С этой задачей Кузнецов с Трибуцем не справились. Если при прорыве линии Маннергейма помочь РККА флот ничем не мог, то в дальнейшем все попытки высадить десант в районе островов Биорке трижды провалились. Советские линкоры и самолеты ВВС Балтийского флота так и не смогли подавить финскую береговую батарею с 254-мм орудиями. Высадку десанта отменили.
Второй задачей являлось блокирование побережья Финляндии. Учитывая полное превосходство СССР на Балтике, задача вполне решаемая. И хотя 11 декабря 1939 года было официально объявлено об уничтожении всех нейтралов, которые попытаются попасть в финские порты, в реальности все вышло иначе. Развернутые в Ботническом заливе подводные лодки потопили всего три транспорта из более чем пятисот (!) Остальные благополучно достигли Финляндии. При этом авиация Балтфлота упорно бомбила финские заводы, а не пароходы с военными грузами. По существу, Кузнецов с Трибуцем задание по блокированию финского побережья провалили.
Третьей, не менее важной задачей являлось уничтожение финского флота. Для этого, казалось бы, имелись все предпосылки. Места базирования финских кораблей были известны, подлетное время к этим базам было невелико, но опять что-то пошло не так. Главной целью наших ВВС были два финских броненосца береговой обороны, которые финны старательно прятали. Их все же обнаружили в Турку, после чего начались непрерывные воздушные атаки на вмерзшие в лед корабли. Однако оба остались целы и невредимы. Когда Сталину доложили о неуязвимости двух затертых льдами кораблей от всех ВВС Балтийского флота, он был в шоке. Хозяин вызвал к себе Кузнецова и предложил ему направить к финским берегам подводные лодки, чтобы топить корабли и суда противника, совершавшие переходы вдоль береговой линии. Нарком аргументированно возразил, что посылать к финскому берегу подводные лодки нельзя, так как там много шхер с подводными камнями. Сталин аргументам внял. Неясно, однако, почему Кузнецов не предложил использовать вместо подводных лодок канонерские лодки и сторожевые корабли…
Оправданием наркома и Главного Морского штаба может служить лишь то, что оперативное руководство флотом у них отобрали. Пожалуй, Балтфлот справился только с двумя задачами: овладел финскими островами в восточной части Финского залива и обеспечил защиту собственных коммуникаций. Однако заслуга в этом наших моряков, прямо скажем, невелика: острова финны оставили заранее, понимая бесполезность сопротивления, а пять финских подводных лодок за все время войны так ни разу никого не атаковали.
Что касается Северного флота, то фактически он воевал всего два дня, занимаясь в основном патрулированием побережья Норвегии на случай, если англичане попробуют отправить в помощь Хельсинки северным путем экспедиционный корпус.
