Несмотря на заключение 23 августа 1939 года советско-германского договора о ненападении, Сталин прекрасно понимал, что рано или поздно военное столкновение неизбежно. В марте 1940 года, отправляя военную делегацию в Берлин для закупки боевой техники, он откровенно сказал руководителю группы: «У нас, конечно, договор с Германией о ненападении, но вы учтите, что фашизм — наш злейший враг и война у нас с ним неминуема».
Положение осложнялось тем, что после подписания пакта Молотова — Риббентропа Англия превратилась из потенциального союзника в потенциального противника. Чувствуя уязвимость юга Советского Союза от сил британского флота, господствовавшего в Средиземном море, и основываясь на прошлом историческом опыте, Сталин не исключал возможности удара англичан со стороны Черноморских проливов. Именно поэтому в день, когда Британия объявила войну Германии, Молотов через советского посла в Анкаре Терентьева призвал руководство Турции рассмотреть возможность советской помощи «в случае нападения на нее извне в районе проливов или Балкан».
С осени 1939 года, когда немцы напали на Польшу, война стояла на пороге. При этом в СССР не существовало специального государственного органа для подготовки страны к войне. Генеральный штаб, считавшийся высшим оперативным органом, занимался главным образом вопросами Наркомата обороны и флотских вопросов не касался, если не считать мобилизации и призыва.
Когда Кузнецов обращался к наркому обороны Тимошенко или в Генштаб, то неизменно получал отписки: дескать, обращайтесь к Сталину. Не увенчались успехом и его попытки убедить Тимошенко заняться морскими делами. Тот, как мог, уклонялся от приглашений на заседание Главного военного совета ВМФ. Что касается начальника Генштаба Г. К. Жукова, тот, по своему обыкновению, обложил Кузнецова, чем навсегда отбил охоту общаться без крайней необходимости. Притом в Генеральном штабе не было ни одного флотского представителя, который мог бы консультировать армейских начальников по морским вопросам.
Имея за плечами опыт испанской войны и хасанских событий, наблюдая за развернувшейся войной в Европе, Кузнецов с тревогой убеждался, что боеготовность советских Вооруженных сил крайне низка. Доказать необходимость специальных оперативных мероприятий Генштабу не удавалось, добиться разработки плана оперативных готовностей для всех Вооруженных сил — тоже. И Кузнецов решил заниматься этим самостоятельно в рамках ВМФ.
21 февраля 1940 года нарком приказывает Военным советам флотов и командирам соединений доложить свои соображения и вероятные действия на каждом флоте в связи с подготовкой флотов по системе готовностей.
26 февраля 1940 года Кузнецов — безусловно, с ведома Сталина — издает специальную директиву флотам, в которой указывает на возможность одновременного выступления против СССР коалиции, возглавляемой Германией и включающей Италию, Венгрию, Финляндию. Важность документа состояла в том, что она ориентировала командующих флотами и соединениями на реального противника, несмотря на недавно заключенный пакт Молотова — Риббентропа.
Наиболее близкой угроза СССР со стороны Германии была на Балтике. В случае войны мощный германский флот мог уже на следующий день обрушиться на нас всею своей мощью. Поэтому именно там создание военно-морского щита являлось самой неотложной задачей.
Ситуация была накалена до предела. Так, 27 сентября 1939 года в Нарвском заливе неизвестной подводной лодкой был потоплен советский пароход «Металлист», у эстонского побережья подвергся атаке транспорт «Пионер». До сих пор история обоих инцидентов окружена завесой тайны. По одной из версий, суда атаковала польская подводная лодка «Орел», которая после этих атак интернировалась в Таллине, а затем сбежав оттуда, перешла в Англию. По другой версии, обе атаки выполнила некая советская подлодка, чтобы обосновать политическое давление на Прибалтийские государства. Действительно, вскоре после этих событий последовало заключение договоров о взаимопомощи между Эстонией, Латвией, Литвой и СССР. Есть даже версия, что никто никого вообще не атаковал, а вся история явилась политической дезинформацией, предпринятой для давления на прибалтов. Как все было в действительности, мы не знаем, однако вряд ли Сталину требовался дополнительный рычаг подобного рода. Хватало и других.