Известно, что в 1939–1941 годах Наркомат ВМФ начал подготовку к освоению новых оперативно важных районов Мирового океана. В частности, 16 апреля 1940 года Кузнецов обратился к Сталину с просьбой разрешить подводным лодкам Тихоокеанского флота осуществлять дальние походы в Тихий океан, Желтое и Восточно-Китайское моря. «Добро» он получил, но последующие события заставили от этих планов отказаться.
А календарь уже отсчитывал последние мирные дни. 13 июня 1941 года Кузнецов доложил Сталину факты, о которых ранее сообщал в Генеральный штаб и Наркомат обороны, — о выводе всех немецких кораблей из советских портов. Это был очень тревожный сигнал. Поэтому Кузнецов просил разрешить вывести все советские корабли из немецких портов, чем вызвал неудовольствие Сталина.
Так как, вопреки официальным установкам, руководство ВМФ не исключало нападения Германии, в июне на Черном море по приказу наркома были проведены масштабные общефлотские учения, закончившиеся за двое суток до начала войны. Контролировавший ход учений начальник Главного Морского штаба адмирал И. С. Исаков, доложив Кузнецову об их итогах, получил приказ немедленно возвращаться в Москву, не проводя даже разбора учений. По воспоминанию командующего Черноморским флотом адмирала Ф. С. Октябрьского, уезжая, он сказал: «Обстановка серьезная, товарищи. Можно ожидать чего угодно».
О мерах, предпринятых руководством ВМФ накануне фашистского вторжения, свидетельствует хроника событий тех дней:
Главный Морской штаб приказал Военному совету Балтийского флота усилить надводные дозоры.
Северный флот расширил зону воздушной разведки в Баренцевом море, усилил корабельные дозоры у Кольского залива. Установлено дежурство кораблей в главной военно-морской базе, самолетов на аэродромах, береговых и зенитных батарей.
Нарком Кузнецов, с ведома Сталина, перевел Балтийский и Северный флоты в оперативную готовность № 2. Черноморский флот, проводивший в это время учение, уже находился в этой готовности. Была активизирована воздушная разведка, средства ПВО флота приведены в готовность к отражению воздушного нападения, подводные и надводные корабли рассредоточены по разным бухтам и заливам, проведено затемнение кораблей и выключение некоторых маяков, штабы и учреждения флота перешли на защищенные командные пункты. Введено дежурство руководящего состава. На флоты поступила команда готовить к выходу в море подводные лодки с задачей отражения возможного нападения кораблей противника на наши базы.
Кузнецов без разрешения Сталина, на свой страх и риск, отдал приказ: при приближении на опасное расстояние к нашим кораблям вражеских подводных лодок и самолетов применять оружие.
Нарком приказал командующим флотами и флотилиями принять дополнительные меры по повышению боевой готовности. В Таллине, Лиепае, Севастополе, Одессе, Полярном, Измаиле и Пинске, на Ханко и Рыбачьем командирам баз, кораблей и частей предписано находиться на командных пунктах или в своих гарнизонах.
Командование Северного флота получило директиву Наркомата ВМФ о выделении для обороны горла Белого моря двух подводных лодок, двух эскадренных миноносцев и эскадрильи морских бомбардировщиков.
