В те дни, когда сведения о приготовлениях фашистской Германии к войне поступали из самых различных источников, нарком ВМФ получил телеграмму военно-морского атташе в Берлине М. А. Воронцова. О ее содержании Кузнецов доложил 6 марта Сталину: «Военно-морской атташе в Берлине донес, что со слов германского офицера из ставки Гитлера немцы готовят 14 мая вторжение в СССР через Финляндию, Прибалтику и Румынию». Впоследствии Кузнецов вспоминал об этом так: «Признаться, в ту пору я, видимо, тоже брал под сомнение эту телеграмму, поэтому приказал вызвать Воронцова в Москву для личного доклада. Однако это не мешало проводить проверки готовности флотов работниками Главного Морского штаба. Я еще раз обсудил с адмиралом И. С. Исаковым положение на флотах и решил принять дополнительные меры предосторожности». В их числе было направленное 3 марта распоряжение открывать огонь по немецким самолетам-нарушителям.
Однако 20 марта 1941 года Кузнецов был вызван к Сталину и получил выговор за самоуправство и указание отменить свое распоряжение. После этого Кузнецов приказал начальнику Главного Морского штаба дать директиву на флоты: «Огонь не открывать, а высылать свои самолеты-истребители для посадки иностранных самолетов на аэродромы». Беспокоило и поведение немецких кораблей. Они стали все чаще и чаще наведываться в восточную часть Балтийского моря, при этом заходили в финские порты и надолго задерживались там.
В начале мая 1941 года по распоряжению наркома Главный Морской штаб конкретизировал задачи флотов и флотилий в соответствии с уточненными планами прикрытия государственной границы. Была усилена дозорная служба и разведка. 7 мая 1941 года Кузнецов по указанию Сталина установил постоянные дозоры в устье Финского залива. Со второй половины месяца Кузнецов ввел на Балтийском, Северном и Черноморском флотах постоянное несение дозоров подводными лодками и надводными кораблями. Одновременно нарком усилил и ближние дозоры на подходах к своим военно-морским базам. Чтобы ускорить введение в строй строившихся береговых батарей, Кузнецов с разрешения Сталина приказывает ставить их не на бетонные основания, как раньше, а на деревянные, что значительно сокращало ход строительства. Время не ждало, и Кузнецов торопился наверстать упущенное его предшественниками.
Следует отдать должное Кузнецову в том, что он обратил особое внимание на укрепление Северного флота. Он был создан только в мае 1937 года на базе Северной флотилии, и теперь перед Наркоматом ВМФ стояла задача обеспечения его полноценного функционирования. И хотя корабельный состав флота был еще откровенно слаб, штабные и тыловые структуры были загодя расширены под будущие корабли. А так как строительство их — дело долгое, Кузнецов решил усилить Северный флот за счет кораблей Балтийского. Однако серьезно укрепить его к 1941 году все же не удалось. Реально боеспособными на начало 1941 года там были два эсминца из трех, две подводные лодки из семи и два сторожевика из трех. В не менее плачевном состоянии находилась и береговая артиллерия.
Путь вокруг Скандинавии был далеким и небезопасным, поэтому для перевода кораблей использовался Беломорско-Балтийский канал, через который могли проходить только корабли с ограниченным водоизмещением. Летом 1939 года по Беломорканалу перевели два эсминца, четыре средние подводные лодки и шесть малых. В сентябре — ноябре того же года туда прошли еще два эсминца. В результате численно Северный флот вырос вдвое, и встал вопрос его будущем базировании. Главной базы Полярный уже было недостаточно, чтобы вместить все наличные корабли, не говоря уже о тех, что еще строились на верфях. Поэтому в начале июля 1939 года Кузнецов представил И. В. Сталину проект постановления «О строительстве морской базы Ваенга на Северном театре», которое Политбюро утвердило 20 июля 1939 года:
«База должна обеспечить: а) стоянку флота, защищенную от нападения с моря, воздуха и суши; б) отмобилизование и быстрый выход флота в море; в) пополнение корабельных запасов всеми видами боевого и технического снабжения; г) отдых личному составу; д) госпитализацию раненых». В Ваенгу же (нынешний Североморск) из Полярного переводилось командование, штаб и Политуправление Северного флота.
