Предстояло всерьез заняться повышением уровня боевой подготовки, профессионализма командиров, укреплением дисциплины. Так, 20 октября 1939 года в Кольском заливе была протаранена рыболовным траулером и затонула подводная лодка Щ-424. Погибли 32 члена экипажа. В начале лета 1940 года на торпедном складе в Мурманске произошел пожар и взрыв торпед, с большим количеством жертв. К сожалению, этими трагическими событием неприятности не закончились. Уже 13 ноября 1940 года при выполнении учебных задач в Мотовском заливе пропала без вести подводная лодка Д-1 «Декабрист». Расследование выявило неукомплектованность экипажа и большое число новобранцев на борту. Непрекращающаяся череда чрезвычайных происшествий привела к снятию с должности командующего флотом В. П. Дрозда.
14 марта 1940 года Кузнецов обратился к Сталину с просьбой о дополнительном срочном пополнении корабельного состава Северного флота за счет Балтийского. Сталин разрешил передислокацию еще двух эсминцев и четырех подводных лодок. Однако, как выяснилось, судостроительные заводы сорвали срок сдачи подводных лодок. Их отправили только в феврале 1941 года.
Тогда же Кузнецов добился расширения базирования Северного флота. Помимо Полярного и Ваенги началось оборудование новой военно-морской базы в Йоканге. Оторванная от «большой земли», Йоканга имела прекрасную якорную стоянку, а кроме того, была чрезвычайно выгодно расположена: она контролировала подходы к Белому морю и имела непосредственный выход в Северный Ледовитый океан.
Кузнецов вспоминал, что из всех других командующих флотами чаще всего ему в это время звонил командующий Балтийским флотом Трибуц, которому поведение немцев на Балтике казалось особенно подозрительным. Имея главные силы ВМФ в базах Северного моря, немцы могли в кратчайший срок перекинуть их в Балтийское море, а минимальное расстояние от наших военно-морских баз до немецких границ делало их уязвимыми для авиационных ударов. Более того, над нашими коммуникациями буквально нависал ВМФ Финляндии, готовый как к использованию подводных лодок, так и к массированным минным постановкам. Кузнецова крайне беспокоила скученность кораблей в приграничной Либаве, и он стремился перебазировать хотя бы часть их в более отдаленный Усть-Двинск. Однако Сталин смотрел на дело иначе. Чтобы переубедить его, нарком прибег к помощи А. А. Жданова и получил наконец согласие. Помимо перевода кораблей из Либавы всего за несколько дней до начала войны из Таллина в Кронштадт удалось перебазировать линкор «Марат». Второй линкор, «Октябрьская революция», с большим риском перебазировался уже в июле, когда шла война. Разумеется, эти меры не смогли изменить общего положения дел, но они по крайней мере сберегли от неминуемого уничтожения ядро Балтийского флота.
В январе 1941 года на Балтийском флоте нарком провел одностороннее учение по отражению внезапного нападения противника на наши военно-морские базы с моря, воздуха и суши. Затем в том же месяце с руководящим составом флота провел и штабную игру на тему «Нарушение коммуникаций противника». В марте по приказу Кузнецова на Балтике прошло большое общефлотское учение на тему «Активная оборона устья Финского залива во взаимодействии всех сил флота». Таким образом, Наркомат ВМФ и лично Кузнецова предприняли необходимые меры к повышению боеспособности Балтийского флота и улучшению его боевой устойчивости.
Непростой была обстановка и на юге. Несмотря на то что на Черном море имелся только враждебный СССР (и союзный Германии) слабый румынский флот, в случае начала боевых действий оставалась вероятность появления здесь линейного итальянского флота.
Как известно, летом 1940 года Бессарабия воссоединилась с Советской Молдавией, а Буковина вошла в состав Украины. Встал вопрос о создании на их территориях новых военно-морских баз, аэродромов, береговых батарей. В июне 1940 года Кузнецов выехал в Севастополь, чтобы быть поближе к месту возможных боевых операций. За несколько дней до того заместитель наркома адмирал Исаков отправился в Одессу, где должен был держать связь с руководством Красной Армии. На юге в те дни находился нарком обороны С. К. Тимошенко. Из Севастополя Кузнецов перешел на эсминце в Одессу. Однако действовать в освободительном походе на Западную Украину кораблям не пришлось.
После освобождения Бессарабии и Буковины была усилена военно-морская база в Одессе, что значительно улучшало защиту всего северо-западного района Черного моря.
