В связи с присоединением Бессарабии и Западной Белоруссии, выходом СССР к берегам Дуная и Припяти в июле 1940 года Кузнецов распорядился о формировании Дунайской и Пинской флотилий. Первая вошла в состав Черноморского флота, но оперативно была подчинена Одесскому военному округу, базировалась она на Измаил. Вторая создавалась на базе расформированной Днепровской флотилии и держала под контролем сразу три реки: Днепр, Березину и Припять. Она замыкалась непосредственно на Наркомат ВМФ.
Очень опасными были предвоенные политические зигзаги Турции. Так, в октябре 1939 года Анкара заключила договор о взаимопомощи с Великобританией и Францией, а уже в июне 1941 года договор «О дружбе и ненападении» с Германией, в рамках которого поставляла в Германию хромовую руду и другое стратегическое сырье, а также пропускала германские и итальянские военные корабли в Черное море.
Весной 1941 года штаб Черноморского флота разослал в соединения временное наставление по огневому взаимодействию кораблей с сухопутными войсками, но применить его на практике пришлось уже в боевых условиях. В марте штабы Черноморского флота и Одесского военного округа провели в районе Севастополя совместное двустороннее учение по отражению крупного воздушного десанта, высаженного в тылу главной военно-морской базы для ее захвата с суши.
Несмотря на то что основные усилия в последние предвоенные годы были направлены на усиление западных морских границ, руководство страны не забывало и о тихоокеанских рубежах, поскольку угроза полномасштабной войны с Японией оставалась актуальной. Поэтому в конце 30-х годов серьезные преобразования были проведены и на Дальнем Востоке.
Кузнецов, в силу своих предыдущих должностей, лучше всего был осведомлен именно о положении дел на Тихоокеанском флоте.
В августе 1939 года для обороны побережья и морских коммуникаций в районах Татарского пролива и Охотского моря в составе Тихоокеанского флота его директивой была сформирована Северная Тихоокеанская военная флотилия, с главной базой в Советской Гавани.
К 1939 году на Дальнем Востоке уже существовала грандиозная система береговой обороны, надежно прикрывшая огромное побережье. Формально она не имела никакого названия, а отдельные ее районы скромно обозначались секторами береговой обороны. В народе же она получила неофициальное название «Тихоокеанский вал». Он протянулся от Чукотки до южного окончания дальневосточного берега Советского Союза. На Камчатке, вдоль берегов Авачинского залива, на Северном Сахалине, в районе Магадана и Николаевска-на-Амуре были построены десятки береговых батарей, прикрывавших подходы к военно-морским базам Тихоокеанского флота. Все ближайшее к Владивостоку побережье от бухты Преображения до корейской границы было надежно перекрыто огнем сотен береговых орудий. Только острове Русский было выстроено семь береговых батарей. Причем батарея № 981 имени Ворошилова имела шесть 305-мм орудий. О масштабе строительства говорит только одно сравнение: на сооружение одной Ворошиловской батареи ушло столько же бетона, сколько на строительство всего Днепрогэса. Под 7-метровым укрытием были расположены снарядные и зарядные погреба, кубрики, лазарет, душевые, камбуз и столовая. Подземную часть батареи пробивали под землей в скалистом грунте шахтным методом. «Тихоокеанский вал» полностью выполнил поставленную перед ним задачу. Японские стратеги были вынуждены учитывать неприступность советского побережья в планировании своих операций, а японский флот так и не посмел к нему приблизиться.
Тихоокеанский флот пополнялся кораблями, подводными лодками и торпедными катерами с судостроительного завода в Комсомольске-на-Амуре В конце 30-х годов существенно усилилась и Амурская флотилия. В Хабаровске в 1932 году был построен судостроительный завод «Осиповский затон». Благодаря всем этим усилиям к 1939 году Тихоокеанский флот насчитывал в своем составе 100 надводных и подводных кораблей.
В октябре 1940 года Кузнецов вместе с начальником Главного Морского штаба Л. M. Галлером докладывал Сталину о ходе работ по строительству береговых батарей и об укреплении восточных морских границ на всем их протяжении. По их докладу, в соответствии с планом обороны, важнейшие пункты морского побережья были защищены береговой артиллерией, способной во взаимодействии с другими силами флота уничтожать превосходящие корабельные силы противника в прибрежном районе на минно-артиллерийской позиции, участвовать в противодесантной и противокатерной обороне.
