Действительно, явных казней новый Царь не производил, но рассылать неугодных ему князей под видом назначений воеводами в дальние края он начал тотчас же по занятии престола. Богдана Бельского, который целовал крест перед народом за «истинность Царя Дмитрия» и потом не участвовал в заговоре Шуйского, отправили в Казань; великий секретарь Дмитрия I, Афанасий Власьев, отбыл в Уфу; П.Ф.Шереметьев - во Псков; князь Григорий Шаховской - в Землю Северскую, в Путивль. Но Шаховской прихватил с собой государственную печать, похищенную им в день переворота, и потом использовал её, став одним из организаторов смуты. Князь Рубец-Масальский (убийца Годуновых) был отослан Шуйским в далёкую Корелу, а сообщник Масальского, Молчанов, сразу после расправы над «Самозванцем» бежал в Польшу, где объявил себя «спасшимся царём». С того времени самозванцы, сущность которых уже не вызывала сомнений, перестали церемониться и заботиться о доказательствах своей «подлинности».
В Путивле и Чернигове князья Шаховской с Телятевским «предъявили» Молчанова готовому к восстанию казачеству, и толпа загудела: «Пойдём все на защиту Царя Дмитрия против Шуйского!» Движение началось.
Сам же второй самозванец (Молчанов) уехал в Самбор (Сандомир). Там, в замке Мнишеков, где оставалась хозяйкой мать Марины, княгиня Ядвига, он устроился с большим комфортом, и рисковать собой во взбунтовавшейся России более не собирался. Его сторонники в Северской Земле созвали крестьянское ополчение, а хозяин Самборского замка Юрий Мнишек с дочерью и четырьмя сотнями поляков обретались в Ярославле, как заложники на случай войны с королём Сигизмундом.
Что же делалось тогда в Москве? Низложенного патриарха Игнатия заперли в келье Чудова монастыря. Первосвятительское место пустовало. Обязанность главы Церкви исполнял митрополит Ростовский Филарет, его уже и считали патриархом. Но Шуйский боялся возвышения Романовых. Потому он сначала отправил Филарета в Углич за мощами убиенного царевича Димитрия, а там митрополита задержали и отвезли в Ростов, в его епархию. В Москве же тем временем собрались почти все епископы. Не хватало лишь первого Русского патриарха Иова, уже одряхлевшего, ослепшего, на всех обиженного, и потому не желавшего возвращаться на кафедру. А также ставшего героем дня мужественного правдолюбца Гермогена Казанского. Святитель Гермоген был ещё в пути, когда члены Собора единодушно избрали его. По прибытии в Москву он был немедленно посвящён в патриарший сан.
Служа в Казани, владыка Гермоген сподобился стать участником чудесного обретения нерукотворенного образа Божией Матери, а затем написал знаменитый тропарь
Митрополит Филарет стал патриархом через 14 лет, восемь из которых он провёл в польском плену, где рядом с ним претерпел страдания и скончался «боярский царь» Василий. Но пока о своих судьбах не ведали ни Гермоген, ни Филарет Романов, ни Василий Шуйский. Смута только ещё разгоралась.
За Путивлем и Черниговым к движению Шаховского примкнули города: Кромы, Новгород-Северский, Стародуб, Белгород, Оскол, Елец, Ливны. Царских воевод там побивали, сажали в остроги, изгоняли. Рать, направленная Шуйским на подавление мятежа, частью разбежалась, частью перешла на сторону изменников. И тогда настало их время.
К Молчанову в Самбор явился лихой человек Иван Болотников. Он был от рождения холопом князя Телятевского. В детстве он попал в плен к татарам, был продан в рабство на галеры, затем освободился вместе с группой немцев и венецианцев, побывал в странах Западной Европы и с большим опытом жизни возвращался через Польшу в Россию. В Молчанове Болотников охотно признал «Дмитрия» и взялся продвигать «его дело» в Путивле у Шаховского.
Уверяя северцев, что он видел живого спасшегося государя, Болотников набрал отряд в 12000 человек и с ними двинулся в Кромы, в город, безуспешная осада которого силами Годунова ы 1605 г. привела к перелому настроений воинства в пользу «Лжедмитрия». Теперь от имени действительного самозванца (Молчанова) Болотников повёл крестьян против «боярского царя». В городах Московских заволновались посадские, холопы восстали на своих господ, и пошло всеобщее разорение.
