Рать Трубецкого, направленная Шуйским против Болотникова, разбежалась. К бунтующим примкнули отряды Пашкова и рязанские дружины дворян во главе с братьями Прокопием и Захаром Ляпуновыми. Восставшая мордва осадила Нижний Новгород. В Астрахани против Шуйского вооружился воевода Хворостинин; он, кроме Русских, поднял ещё и татар-ногаев. Слух о том, что «добрый царь Димитрий» идёт освободить бедных от власти богачей и тем перевернуть всю Россию, летел впереди наступавших казачьх отрядов. Путь на столицу был открыт. К войскам Болотникова присоединились поляки под командой Хмелевского, и уже в октябре 1606 года толпы мятежников приблизились к Москве.
Казалось, «боярскому царству» пришёл конец. Но Шуйскому повезло. Его спасли сами восставшие. Психология низов и дворянства и цели различных слоёв населения, примкнувших к Болотникову, глубоко разнились. Революционный настрой крестьянства был неприемлем для воинов служилого ополчения. Дворяне-рязанцы во главе с Ляпуновыми отделились и перешли на сторону Царя Василия. Это случилось 15 ноября. И сразу же из Москвы в стан мятежников прибыли царские послы с просьбой показать им «Димитрия». Такового не нашлось (Молчанов отсиживался в Самборе и не собирался покидать Польшу). Отсутствие Самозванца в войсках вызвало недоверие самих восставших к своему вождю. Бунтарский подъём начал спадать. Города Тверь, Ржев и ещё ряд населённых пунктов, поддержавших было Болотникова, отошли от него. С отчаянья крестьянский вождь решил пойти на приступ 26 ноября. Но Пашков с 400 стрельцами изменил ему во время боя. Этим воспользовался молодой царский племянник Михаил Васильевич Скопин-Шуйский. Он разбил наступавших, и после 2 декабря большая часть казаков перешла на его сторону.
Три дня Болотников ещё оборонялся под Коломенским, потом отступил на Серпухов и заперся в Калуге. Калужане обещали кормить его войско в течение года.
Шуйский осаждал Калугу безуспешно. Болотников просил Шаховского прислать к нему «Димитрия», но Молчанов и не думал покидать уютный замок Мнишеков. Восставшие лишились главного - «живого знамени» - и пали духом.
Между тем в Астрахани, ещё при Дмитрии I, объявился некий «царевич Пётр», якобы сын покойного Феодора Иоанновича. По легенде казаков, сего «Петра» при рождении подменили девочкой Феодосией, которая умерла по вине Годунова, а «спасённый» таким образом «царевич» пополнил ряды самозванцев «смутного времени». Привезли его в Путивль казаки терские, гулявшие до того по Нижней Волге. Шаховской, за неимением «Димитрия», согласился на «Петра» и принял «казацкого царевича» на довольствие. Тут подошли запорожцы с новыми толпами беглых крестьян, и это ополчение князь Григорий направил на Тулу.
Разбив отряды Шуйского под Тулой и заняв её, Шаховской послал подкрепление Болотникову. Осаждавшие Калугу московские воеводы бежали, кроме одного М.В.Скопина-Шуйского. Доблестный Скопин, обороняясь, отступил в боевом порядке. Окрылённый успехом, Болотников двинулся к Туле и там соединился с Шаховским.
Государство Русское разделилось на два военных лагеря. Могло разделиться и само в себе. Но силы борющихся сторон оказались неравными. Всё незначительное и обиженное собралось вокруг самозванца «Петра», выдвинутого казачеством; всё лучшее по роду и богатству сохранило верность правящему Царю.
Войска Шуйского собирались в Серпухове. На востоке ему покорились Арзамас, Алатырь, Нижний Новгород (там вообще смуты не было). Скопин по пути на Шую разбил встречные шайки Болотникова и погнал их в сторону Тулы. После этого, 30 июля 1607 года, царская 100-тысячная рать обложила город оружейников со всех сторон.
У Болотникова оставалось 20000 войска. Он не хотел больше иметь дело с
Только Шуйский не сдержал своего слова. Болотников и атаман Нагиб были отправлены в Каргополь, где их казнили. Шаховского сослали в монастырь на Кубенское озеро, многих пленных перетопили в реке, а «царевича Петра» отвезли в Москву и там повесили. Над крестьянством повсеместно учинили расправы и ужесточили крепостнический гнёт. Брожение на время затихло. Однако смуту таким способом одолеть не удалось, и следующий Самозванец не заставил себя ждать.