В последние годы Танской династии (середина Ⅸ века) в Тибете возникли междоусобные смуты и раскол. Между тибетским царем Ландармой и верхушкой буддийского духовенства возникли крупные противоречия и вспыхнула борьба. Царь Ландарма пал от руки монахов-убийц, и весь Тибет был охвачен смутой. В ходе этой смуты некоторыми тибетцами было предложено определить нового гялбо. Против этого выступил тибетский военачальник Лунькунжэ, он заявил: «Разве можно назначить кого-либо гялбо, если великая Танская империя не дала ему этот титул?» После падения династии тибетских правителей многие их родственники, сановники и подданные прибыли к танскому двору. Вслед за этим Тибет оказался расколотым на владения множества небольших племён. Возникла феодальная раздробленность. Феодалы без конца вели войны между собой. Тибетский народ оказался ввергнутым в пучину тягчайших бедствий. Такая хаотическая смута продолжалась четыреста лет, так как ни одно из тибетских племен не обладало силой для того, чтобы вновь объединить Тибет.
Со смутой в Тибете было покончено лишь в 1253 году, когда Мункэ — юаньский император Сянь-цзун — послал войска в Тибет. С этого времени Тибетский район вошёл в состав великой Юаньской империи и стал частью территории Китая.
За период с ⅩⅢ по ⅩⅧ века центральные правительства Китая одно за другим постепенно выработали гражданские и духовные институты в Тибете. Сохранившаяся до сих пор в Тибете система сочетания в одних руках гражданской и духовной власти впервые была введена в 1275 году. В этом году юаньский император Хубилай присвоил фа-вану («глава секты») Пакба-ламе, являвшемуся главой буддийской секты Сакья-ба, титул «Да-юань-ди-ши» («Наставника великого юаньского императора») за его заслуги в выработке новой монгольской письменности. Одновременно Хубилай вверил управление Тибетом главе секты Сакья-ба. Это было началом системы, при которой гражданская и духовная власть сочетаются. С этого времени последующие юаньские императоры стали назначать в Тибет своих комиссаров (этот пост был аналогичен посту министра-резидента при Цинской династии), которые ежегодно собирали с тибетского населения определённые подати и дань. Юаньские императоры создали в Тибете почтовые станции и военные гарнизоны, провели перепись населения, ввели ревизию деятельности местных чиновников и проводили другие мероприятия.
Юаньская династия положила конец феодальной междоусобице во всём Тибете, объединила Тибет и тем самым принесла широким массам тибетского народа мирную и спокойную жизнь. Это было то, к чему горячо стремился тибетский народ после четырёхсот лет междоусобной смуты. Поэтому, несмотря на то, что имели место гнёт и эксплуатация тибетского народа со стороны правителей Юаньской империи, положение, которое установилось в Тибете после предшествовавшей четырёхсотлетней междоусобицы, всё же принесло тибетскому народу очень большие выгоды и создало благоприятные условия для восстановления и развития производительных сил тибетского общества.
Вслед за падением Юаньской династии пришла к концу также и власть в Тибете главы секты Сакья-ба. На смену к власти пришёл «фа-ван» — глава секты Гэцзюй-пай («белое учение»). Впрочем это не внесло каких-либо изменений во взаимоотношения между районом Тибета и Родиной, выражавшиеся в подчинении этого района центру. Второй фа-ван секты Гэцзюй-пай Цзя-ян в 1372 году послал своего представителя в Нанкин к Чжу Юань-чжану — минскому императору Тай-цзу, чтобы передать поздравления с воцарением Минской династии, а наряду с этим испросить у Минского императора санкции на управление Тибетом. Минский император Тай-цзу даровал главе секты Гэцзюй-пай ряд почётных титулов: «Великий сыту», «Князь, усердствующий ради государства», «Государственный наставник буддийской веры», а также «издал эдикт, даровавший ему управление тремя частями Тибета». С тех пор каждый новый глава секты, вступая в должность, непременно направлял своего представителя в Пекин для получения титула. Минский император Чэн-цзу даровал главе этой секты Чжаба-Ганцану титул «Чаньхуа-вана» и вручил ему яшмовую печать. С того времени все главы секты Гэцзюй-пай носили этот титул, а некоторым из них также присваивался титул «Государственный наставник буддийской веры».
В минский период дружественные связи между тибетцами и другими национальностями Китая получили ещё большее развитие. В 1409 году император Чэн-цзу направил четырёх посланцев в Лхасу, чтобы пригласить главного монаха секты Гелуг-ба («Жёлтое учение») Цзонкаба во внутренние районы страны для проповеди буддизма. Сам Цзонкаба не мог этого сделать, а послал в Пекин своего старшего ученика Джамцинчуджи. Император Чэн-цзу присвоил Цзонкаба титул «Велико-милостивый Фа-ван», а император Сюань-цзун в свою очередь даровал ему звание «Государственный наставник».
Согласно статистическим данным министерства обрядов минского двора, в пятидесятых годах ⅩⅤ века из Тибета в Пекин ежегодно приезжало с данью 300—400 человек, а в шестидесятых годах их число увеличилось до 3—4 тысяч человек.