Когда власть Минской династии находилась накануне падения, господство фа-ванов секты Гэцзюй-пай в Тибете также было поколеблено. В 16‑м году правления Чун-чжэнь (1643) главы секты Гелуг-ба Далай Ⅴ и Панчен Ⅳ с помощью войск монгольского племенного вождя в Цинхае Гуши-хана свергли власть главы секты Гэцзюй-пай в Тибете. С тех пор править тибетским народом стала группа во главе с Далаем.
После вступления маньчжурских войск в районы к югу от Великой китайской стены Далай Ⅴ в 1652 году прибыл из Тибета в Пекин для того, чтобы принести цинскому двору свои поздравления и просить цинского императора облечь его титулом. В 1653 году, когда Далай Ⅴ возвращался в Тибет, цинский император Шунь-чжи пожаловал ему титул «Путунвачиладала в Западной земле всеблагого будды Далай-лама». Титул «Далай-лама» был официально установлен именно с этих пор. Функции и организационную структуру местного тибетского правительства (кашага) установил тоже цинский император — Цянь-лун. Он определил, что кашаг является высшим местным административным органом в Тибете, состоящим из четырёх калуней — высших чиновников местного тибетского правительства, стоящих ниже лишь регента.
В период Цинской династии, в особенности же в период правления Цянь-луна, связи между тибетцами и другими национальностями Китая стали ещё более тесными. В 56‑м году правления Цянь-луна (1791) в Тибет вторглись гурки из Непала. Гурки — одно из племен, живущих в Непале. В 1791 году, воспользовавшись небольшим инцидентом на тибетско-непальской границе, правители гурков начали крупную вооружённую агрессию в Тибете и дошли вплоть до Шигацзе. Все районы к западу от Шигацзе были заняты захватчиками, разбившими войска местного тибетского правительства. Весь Тибет находился под угрозой оккупации. Далай и Панчен послали тогда своих представителей в центральное, то есть цинское, правительство с просьбой о помощи. Цинское правительство удовлетворило эту просьбу и сразу же направило в Тибет армию, состоявшую примерно из двадцати тысяч человек.
Благодаря поддержке со стороны всех слоёв тибетского народа посланному цинским правительством войску удалось изгнать из пределов Тибета всех захватчиков, оккупировавших район Хоуцзан.
Отправка в Тибет войск цинским правительством имела далеко идущее значение. В результате этого захватчики были изгнаны из Тибета и была укреплена оборона в юго-западной пограничной окраине Китая. В то же время широкие массы тибетского народа получили наглядное представление о значении огромной помощи, оказанной им Родиной, что способствовало укреплению дружественных чувств между тибетцами и другими национальностями Китая и привело к дальнейшему упрочению связей между Тибетом и Родиной.
В последние годы Цинской династии и первое время после образования в 1911 году Китайской Республики отношения между Тибетом и Родиной были серьёзно нарушены из-за того, что империалисты стали ещё сильнее подстрекать тибетских реакционеров на различную преступную деятельность против Родины. Но Тибет издавна является неотделимой составной частью территории Китая. Между тибетским народом и другими народами Китая установилась исконная братская дружба, и они связаны общей судьбой, делят и радость, и горе. Империалистам и небольшому числу тибетских реакционеров никогда не нарушить этих дружественных отношений. Хотя тибетцы и выступали против политики национального угнетения, проводившейся цинским правительством и северными милитаристами, но в то же время они всегда горячо любили Родину и жаждали восстановления с ней нормальных отношений. Со страхом ощущая эту тягу тибетского народа, реакционеры из верхушки Тибета, даже будучи в тайном сговоре с заграницей, всё же не могли не признавать, что Тибет является частью территории Китая, и были вынуждены поддерживать контакты с китайским центральным правительством. В 1930 году гоминьдановское правительство направило должностное лицо в Тибет для осуществления связи. В том же году местное тибетское правительство в свою очередь направило Гонцио Тронгнера в Нанкин, где было учреждено представительство местного тибетского правительства. 17 декабря 1933 года умер Далай-лама ⅩⅢ, и местное тибетское правительство, согласно установившемуся порядку, 1 января 1934 года сообщило об этом гоминьдановскому правительству в Нанкине. В апреле того же года гоминьдановское правительство направило Хуан Му-суна в качестве специального посланца в Тибет для выражения соболезнования. В сентябре 1934 года Хуан Му-сун прибыл в Лхасу и присвоил Далай-ламе ⅩⅢ посмертный титул «Покровитель государства, всемилосердный, достигший полного совершенства Великий наставник». Он также учредил в Лхасе отделение Комиссии по делам Монголии и Тибета.