Как и Хунтайцзи, Доргонь усилил централизацию власти при дворе (как для того, чтобы править Китаем, так и для противодействия влиянию знамен). Он сохранил большую часть минских административных институтов и даже оставил на своих местах мелких чиновников старой династии, контролируя их с помощью цинских официальных лиц (в основном представителей китайских знамен) — как в провинциях, так и при дворе. Любопытно, что эта политика подверглась нападкам как со стороны китайских чиновников, так и со стороны представителей маньчжурских знамен. Китайцы протестовали против того, что маньчжуры монополизировали реальную власть. Маньчжуры же, входившие в систему знамен, жаловались, что Доргонь отдает предпочтение китайцам.
Интересы представителей маньчжурских знамен и государства Цин были различны с самого начала. Маньчжурская племенная знать стремилась к быстрейшему получению выгод и противилась любым политическим шагам, уменьшавшим ее независимость, даже если они были необходимы для развития империи. Именно знать протестовала против завоевания Нурхаци Ляодуна и перенесения столицы на юг. Именно она сопротивлялась созданию Хунтайцзи бюрократического аппарата, укомплектованного китайскими чиновниками, и присоединения к цинской армии знамен, состоящих из неманьчжуров. Каждый правитель, включая Нурхаци, стремился оградить имперское правительство от давления со стороны племен. Сохранение Доргонем минских чиновников и учреждений было логическим продолжением этой политики. Племенная знать рассматривала цинский административный аппарат как орудие для расширения своего господства в Китае. Имперское руководство отвергало такой взгляд и пыталось, в свою очередь, сделать маньчжурские знамена орудиями династии. Вследствие этого противоречия имперское правительство видело в представителях китайских знамен лояльных чиновников, жизненно необходимых цинской власти. Дело в том, что китайское население в целом полагало и называло представителей китайских знамен маньчжурами, а маньчжурские племена считали их самозванцами, которые украли плоды победы у «настоящих», племенных маньчжуров — как раз к этому и стремилось цинское правительство.
Династия Цин происходила из Маньчжурии, но она была полна решимости освободиться от давления со стороны представителей знамен, которые ограничивали имперскую власть. Добиться этого можно было, опираясь на китайских чиновников, служивших противовесом племенным маньчжурам. Заимствование Цинами столь большого числа китайских учреждений после падения Пекина иногда рассматривается как доказательство их быстрой китаизации. Пока при дворе спорили о том, в какой степени можно перенимать китайский стиль управления, не ослабляя позиции маньчжуров, партии, участвовавшие в спорах, больше интересовались самой властью, чем ее формой. Племенные традиции были на руку старой маньчжурской знати и способствовали сохранению ее значения при новом режиме. Китайские же учреждения были предназначены для сохранения имперской автократии, которая не допускала разделения власти, и их заимствование освобождало двор из-под контроля племен. Верхушка империи постоянно ограждала себя от притязаний племен и прилагала все усилия, чтобы стать имперской династией, призванной управлять как Китаем, так и маньчжурами.
Проблема выбора между автономией и централизацией становилась особенно острой в периоды кризисов, связанных с наследованием власти, когда представители имперской знати были вынуждены искать поддержки у знамен. Однако каждый вновь избранный правитель неизбежно начинал там, где заканчивал его предшественник, каждый раз оставляя знаменам все меньше власти. Никогда это не проявилось так явно, как в период очередного витка централизации после неожиданной смерти Доргоня в 1650 г.