В Англии Франклин узнал, что Адмиралтейство готовит новую экспедицию на поиски Северо-Западного прохода. Всю жизнь он мечтал возглавить такую экспедицию. И Джейн понимала, что Франклину необходимо дело, которое бы заставило его опять поверить в свои силы, забыть о неприятностях и неудачах на Тасмании. В экспедиции он мог восстановить свою репутацию, участвуя в предприятии, которое однажды уже принесло ему успех и славу. Джейн знала, что эта экспедиция будет нелегкой, да и разлука страшила ее — Франклин был уже немолод. Однако леди Франклин решила помочь своему супругу. В письме Джемсу Кларку Россу она говорила: она понимает, что Джемс Росс сам мог бы быть руководителем предстоящей экспедиции, но если по какой-либо причине он откажется, то она просит его помочь получить это назначение ее мужу. «Я страшно боюсь за его разум, если не будет интересного и приличествующего ему занятия. Только это дает мне силы при мысли о разлуке с ним и о тех трудностях и опасностях, которые его ждут.» Несмотря на то что Джемс Росс был моложе Франклина на 14 лет, он отказался руководить экспедицией, сославшись на возраст. И в феврале 1845 года этот пост предложили Джону Франклину.
Три месяца прошли в хлопотах об экспедиции. Джейн старалась не показывать своего беспокойства и грусти. С тяжелой душой оставлял и Франклин жену. Он боялся, что Элинор, его дочь от первого брака, не сможет стать поддержкой для Джейн, случись с ним что-нибудь. Поэтому он обратился к своей племяннице Софи Кракрофт и просил ее позаботиться о Джейн во время его отсутствия. Случилось так, что в течение следующих тридцати лет эти две женщины почти не разлучались. Джейн мучили страшные предчувствия. Незадолго до отправления экспедиции Франклин захворал. Он спал на диване, Джейн сидела рядом и шила флаг, который Франклин должен был взять на Север. Боясь, что мужу холодно, Джейн, торопливо закончив работу, набросила флаг на ноги спящего мужа. Франклин проснувшись от прикосновения, пробормотал: «Почему меня прикрыли флагом? Разве ты не знаешь, что флагом покрывают покойников?» Джейн побледнела, сердце замерло, ей и в голову не могло прийти, что безобидное желание согреть мужа можно истолковать как страшное предзнаменование. Она старалась не думать об этом случае — и не могла. Чтобы скрыть свое беспокойство, она с головой ушла в заботы об экспедиции: все, что можно сделать и купить для мужа и его товарищей, должно быть куплено и сделано. Джейн продумывала множество мелочей, которые могли облегчить быт на «Эребусе», не забыла и о доске для игры в триктрак. Узнав, что офицеры хотят взять обезьянку, она с готовностью выполнила их желание. Девятнадцатого мая суда вышли в плавание. Пока «Эребус» отчаливал от пирса, Франклин не отрывал глаз от лица Джейн и махал ей платком. На одной из мачт удалявшихся судов примостился белый голубь, который Джейн приняла за символ удачи. Глядя вслед медленно плывущим по Темзе судам, Джейн почувствовала облегчение: расставание было позади, и она хорошо держалась. В письме к Франклину, адресованному на Оркнейские острова, Джейн писала: «Как хотелось бы мне иметь волшебное зеркальце, чтобы видеть в нем тебя».
Из Стромнеса Франклин ответил. Джейн, но все письмо посвятил экспедиции, друзьям и помощникам по работе, в нем совсем не осталось места для личного. Франклин сообщал, что все участники экспедиции здоровы, суда дружно идут вперед, моряки с Оркнейских островов одобрили время начала экспедиции и что он очень доволен своим помощником. Чем ближе он узнает Гора, писал он, тем больше убеждается, что Гор прекрасный моряк и преданный друг. Затем он писал, что в связи с плохой погодой Крозье бывает на «Эребусе» не очень часто, но когда появлялся, настроение у него было отличное. Все письмо было проникнуто уверенностью в успех экспедиции.
