Итого, у австрийцев было 87 орудий (из них 9 нарезных) на пяти кораблях против 102 пушек у датчан (из них 26 нарезных) на трёх кораблях. К преимуществам австрийцев можно отнести наличие у них бомбических орудий и больший калибр их нарезных пушек. Кроме того, австрийские нарезные казнозарядные 15 см пушки производства Варендорфа были в 2 раза скорострельнее, чем передельные из гладкоствольных пушек датские орудия.
Бой проходил примерно по такому же сценарию, как и сражение при Рюгене. Правда, Тегетхоф с самого начала выстроил свои суда в строй линии, и перестрелка шла между параллельными колоннами. Пруссаки, как и при Рюгене, сразу же отстали, бой свёлся к перестрелке двух австрийских фрегатов с двумя датскими и одним корветом.
В парусный ящик (каюту, в которой хранились паруса) флагмана Тегетхофа «Шварценберг» в самом начале сражения попал датский снаряд и начался сильный пожар, угрожавший крюйт-камере. К 16 часам дня на «Шварценберге» огнем была охвачена фок-мачта, пламя распространялось по всему кораблю, из-за нехватки людей часть орудий прекратила стрельбу. Флагман вышел из боя и, прикрываемый «Радецким», стал отходить к Гельголанду, который в то время был английским владением и где австрийцы могли найти убежище в нейтральных водах.
Свенсон попытался преследовать неприятеля, но в этот момент на «Йилланде» вышло из строя рулевое управление. Пруссаки не замедлили приписать этот успех себе, заявив о том, что руль на датском флагмане повредил удачно выпущенный с их канонерки снаряд.
Эта случайность вновь спасла союзников: «Шварценберг», на котором огонь не удавалось погасить еще несколько часов, и его мателоты укрылись в нейтральных водах.
Потери сторон распределились следующим образом: австрийцы потеряли 32 человека убитыми и 69 раненными на «Шварценберге» и 5 убитых и 24 раненных на «Радецком». Потери датчан составили 12 убитых и 29 раненных на «Йилланде», 2 убитых и 23 раненных на «Нильсе Юэле» и 2 раненных на «Хеймдале».
Обе стороны объявили о своей победе; Тегетхоф был произведен в контр-адмиралы, хотя главной его заслугой, в общем-то, было проявленное им личное мужество. В ночь на 10 мая, после того, как пожар на «Шварценберге» был потушен, он увел под парусами свои корабли в Куксхафен. Впрочем, вскоре подошла мощная эскадра Вуллерсдорфа, и козыри датчан были биты.
Большого значения это не имело: война была проиграна ими на суше, все попытки сдержать натиск пруссаков, в том числе с использованием броненосных судов, оказались неудачными. Так, еще 1 февраля 1864г. корвет «Тор» и броненосная лодка «Эсберн Снарре» пытались сдержать фланговым обстрелом прусское наступление, но сами попали под огонь полевой артиллерии: «Тор» получил несколько попаданий, тонкая броня «Эсберне Снарре» была пробита в нескольких местах.
«Рольф Краке» вошел в строй 8 февраля. Уже 10 дней спустя он предпринял атаку на понтонный мост у Холлниса, по которому двигалась пехота союзников. Несколько прусских 12-фунтовок, стоявших у Альноера, обстреляли его, добившись 66 попаданий, ни одно из которых не пробила броню монитора.
В свою очередь, «Рольф Краке» попал в прусскую батарею 12 снарядами, которые так и не заставили замолчать ни одно из прусских орудий. Кроме того, один снаряд с «Рольфа Краке» попал в понтонный мост, ранив двоих солдат.
Неэффективными оказались и обстрелы позиций пруссаков возле Дибболя 28 марта, у Гаммельсмрака 18 апреля и у Альзунда на следующий день.
После неудач на континенте датчане начали делать ставку на оборону островов, но и здесь их ждало фиаско. 29 июня 26 прусских батальонов предприняли переправу возле Альзена на 160 плоскодонках. Прибывший на место действия «Рольф Краке» начал обстрел этой флотилии, но его тяжелые 68-фунтовки едва ли были самым удачным оружием для этой цели. Кроме того, специально на случай появления монитора, пруссаки устроили на берегу батарею из двух 15 см и двух 12 см нарезных пушек. Они добились 123 попаданий в датский броненосец, не причинив ему особого вреда.
Очевидно, «Рольф Краке» мог бы действовать и более отчаянно, подойдя к переправе вплотную, тараня лодки и ведя ружейный обстрел. Датчане оправдываются тем, что опасались мин, которыми пруссаки могли прикрыть переправу. Но, очевидно, этим-то риском надо было пренебречь: вторжение на островную часть Дании оказалось роковым. 20 июля было заключено перемирие (второе за эту войну), а 25 июля в Вене начались мирные переговоры, по результатам которых Датское королевство отказалось от своих претензий на Шлезвиг и Гольштейн.