Еще одним базовым принципом философии природы является «закон противоположностей», пары противодействующих и дополняющих сил, которые могут объединяться в индифферентной форме. Этими силами, согласно Шеллингу, являются противоположные стороны природы, такие, например, как день и ночь, действие и материя, сила тяжести и невесомость. Огромное значение, выходящее за границы животного мира, придавалось различию между мужским и женским началом. Шеллинг и его последователи пытались найти эти противоположности во всем. Научные работы по химии были написаны в рамках представлений о полярности кислоты и щелочи. Протекание физиологических процессов в организме человека, таких как сон и бодрствование, деятельность вегетативной и животной сферы (Рейль), работа мозга и ганглионарной системы (фон Шуберт)51, также трактовались в свете теории противоположностей. Противоположности часто понимали как динамическое взаимодействие антагонистических сил. Физиолог Огюст Винкельман52 в свое работе «Введение в динамическую физиологию» (1802), утверждал, что «природа представляет собой борьбу сил, конфликт между положительной и отрицательной силой». Он разработал целую теорию динамической физиологии, основываясь на концепции конфликтующих противоположностей, таких как нервная система и кровообращение.
