Детство Мехмеда было безрадостным. В первые три года жизни мальчик не видел отца, поскольку Мурад все время проводил в сражениях. Султан Мурад II вообще был особенно привязан к своему четвертому сыну. Детство Мехмед провел в гареме во дворце Эдирне. По примеру других османских правителей, его отец держал большой гарем с бесчисленными женами и наложницами. Положение при дворе Мехмед занимал невысокое, поскольку его матерью была рабыня Хюма-хатун, албанского или греческого происхождения. Мальчик рос в окружении, которое постоянно заставляло его задумываться о том, кто ему враг, а кто друг. Он вырос тихим, честолюбивым и жестоким.
Когда Мехмеду было без малого шесть, его направили в Манису, что в Анатолии. Под жестким руководством вельмож мальчик должен был научиться управлять провинцией. Но вспыльчивый и упрямый наследник престола не выявлял склонностей к учебе. Он никого не желал слушать. Учителя менялись как перчатки. Только когда к преподаванию приступил учитель из религиозной школы и начал без колебаний пускать в ход розги, тот начал понемногу набираться ума-разума.
В 1443 году старший брат Мехмеда и любимый сын султана Аладдин Али был задушен ночью вместе с двумя новорожденными сыновьями. Убийцу казнили, однако поговаривали, что за преступлением стоял Мехмед.
В августе 1444 года Мурад принял решение отречься от трона и передать власть Мехмеду, которому только исполнилось 12. Горячий нрав нового султана прибавил его советникам немало седых волос. Первым делом Мехмед объявил, что намеревается завоевать Константинополь. Великий визирь Чандарлы Халил-паша счел этот план безумным и доложил об нем Мураду. Тот повелел сыну всегда подчиняться указаниям визиря.
Мехмед не послушал отца. В 1446 году Мурад был вынужден вновь взять бразды правления в свои руки и отослать сына в Манису. Мехмеду пришлось дожидаться власти еще пять лет. Мурад II скончался 3 февраля 1451 года в Эдирне в возрасте 48 лет. 18 февраля Мехмед II стал султаном. Ему оставался всего месяц до девятнадцатилетия.
Мехмед тут же продемонстрировал, каким будет его правление. После восхождения на трон он нанес визит в гарем отца, где встретился с его вдовами и прочими важными государственными деятелями. Пока вдова Мурада II Хатидже Халиме-хатун приветствовала Мехмеда, один из его людей задушил ее двухлетнего сына Ахмета, сводного брата новоиспеченного султана, пока ребенок играл в ванночке. Позже Мехмед отдал Хатидже в жены новому военачальнику Исхак-паше.
Мехмед оправдывал убийство брата османскими обычаями. Начало этой традиции положил его дед Мехмед I, когда после восхождения на трон повелел задушить всех своих младших братьев шелковым шнурком. Мехмед II издал указ, согласно которому каждый новый султан, приходя к власти, мог убить своих братьев. Указ гласил: «Если кто-то из моих сыновей займет престол, да пребудет с ним право лишить жизни остальных своих братьев во имя общего блага». Мехмед утверждал, что большинство улемов, то есть духовных вождей мусульман, были согласны с таким положением.
Как утверждал Мехмед, это благородная кончина, к тому же она положила бы конец междоусобным войнам за власть и беспорядкам. Чтобы указ об умерщвлении наследников не встретил препятствий со стороны духовенства, Мехмед постановил, что султан не должен напрямую участвовать в убийстве своих родственников.
Османский двор был опасным местом. Победитель получал все, остальные зачастую платили за поражение собственной жизнью. Наследников, желающих занять трон, всегда хватало, и каждая жена султана, естественно, сражалась не на жизнь, а на смерть, чтобы защитить собственных детей. Закон Мехмеда не менял порядок наследования власти, но позволял каждому новому правителю избавиться от конкурентов сразу же после восшествия на трон. Впоследствии казни совершались «согласно указу султана Мехмеда II».
Этот указ стал причиной гибели как минимум 80 отпрысков султанского рода за последующие полтора века. Больше всего людей погибло при восшествии на трон Мехмеда III в 1595 году. Он приказал казнить 19 своих братьев, самые младшие из которых были еще младенцами. Из-за волны людского негодования Ахмед I, который взошел на трон после Мехмеда III, запретил эту жестокую традицию. Он не стал убивать своих братьев, но пожизненно заточил их в одном из османских дворцов. Помещения, в которых они вынуждены были находиться до конца своих дней, называли kafes — «клетка».
