Эту территорию назвали опричниной. Изначально на Руси слово «опричнина» означало удел, который выделяли вдове при разделе имущества почившего мужа. При Иване Грозном города опричнины оплачивали содержание нового царского двора, а сами эти земли стали личной территорией царя для грабежей и гонений. Ни один правитель до него не создавал ничего подобного. Иван не раскрывал, какие цели он преследовал, основав опричнину. Он управлял ею из Александровской слободы. Чтобы укрепить власть, Иван Грозный создал из опричников гвардию, Государев полк, в который входили особо приближенные к царю служилые люди. Их численность составляла от 1000 до 6000 человек, они одевались во все черное и разъезжали на вороных конях. К седлу каждого опричника была приделана метла с насаженной на нее собачьей головой. Это было символично: опричники кусали царских врагов, словно собаки, а потом метлой выметали измену из страны. Бояре, ранее жившие на территориях, которые заняли опричники, были сосланы или убиты. Убивали и крестьян, которые хотели помочь боярам.
Московские органы власти утратили всю силу, а большая часть приказных людей оказалась в опале. Продолжались казни знатных людей. Народ особенно шокировали жестокость казней и истребление целых семей. Бывших друзей царя сажали на кол, резали, вешали или травили. Царь Иван Грозный был злопамятным и мстительным. Не поздоровилось тем, кто когда-то в детстве смеялся над ним, вступал в спор или раздавал непрошеные советы. Иван Грозный с удовольствием лицезрел казни и был полностью уверен, что поступает по справедливости.
Когда в 1566 году члены Земского собора обратились к Ивану Грозному с мольбой положить конец опричнине, большинство из них бросили в темницу. Для царя подобная критика служила доказательством заговора. Он начал новую волну террора. Бояр забивали до смерти розгами, пороли, отрезали им языки, четвертовали и сдирали живьем кожу.
Преследуя одного из своих воевод, конюшего Ивана Федорова-Челяднина, Грозный велел запереть домочадцев в их собственном имении, в горницах, под которыми были спрятаны бочки с порохом. Когда те взорвались, трупы взлетели в небо, к вящей радости царя. Самого Федорова-Челяднина привели к Грозному в 1568 году по обвинению в том, что он якобы хотел занять царский трон. Тот заставил боярина облачиться в пышные одежды и взять в руки державу, после чего усадил его на трон. «Попробуй же на вкус власть, которой ты так жаждал. А поскольку я имею власть посадить тебя на престол, я же тебя с него и свергну!» — воскликнул царь и ударил боярина ножом. Боярину проткнули сухожилия и, продев через раны веревку, протащили привязанный к телеге труп по московским улицам. Земли Федорова-Челяднина были разграблены. Его крестьян убили, их жен раздевали догола и гнали в лес, где рубили в куски. Многих женщин повесили на крыльце собственных домов.
После основания опричнины пик массового истребления людей пришелся на 1567–1568 годы. Атмосфера при дворе была удручающей — жены помещиков и крестьян подвергались поруганию, детей и женщин убивали. Сын царя Иван часто становился свидетелем этих жестокостей.
Иван Грозный проводил все свое время с опричниками в Александровской слободе, не участвуя в собраниях Земской боярской думы.
Присягая на верность царю, опричники клялись, что не разделят пищи и питья с земщиной и не будут совершать с ними никаких сношений. На пирах опричников устраивались злые забавы — там не только пили, но и насиловали, пытали и убивали. Иван Грозный сам выступал в роли палача, который раскаленными щипцами ломал своим жертвам ребра и вырывал их из груди. После пыток Иван падал на колени перед алтарем, каялся и читал своим гвардейцам проповеди о христианских добродетелях. В девять вечера царь отправлялся в опочивальню, где три старца рассказывали ему на ночь былины о давно минувших временах.
Ивану Грозному повсюду мерещились заговоры. В январе 1569 года литовцы захватили город Изборск. Удержать его они не смогли. Те, кто защищал город во время нападения, были убиты, когда армия опричников отвоевала Изборск. Были убиты и возвращенные литовцами военнопленные.
Иван Грозный также вообразил, что заговоры плетут жители Твери, Пскова и Новгорода. В 1570 году он приказал сровнять Новгород с землей. Царь лично возглавил поход опричников, в результате которого погибли тысячи людей, поскольку царю казалось, что горожане противятся его власти. Новгородцев объявили вне закона, и город был отдан на разграбление. Иван решил наказать и Новгородскую область. Монахов и настоятелей, которых подозревали в предательстве, забивали насмерть их же собственными посохами. Некоторым вырывали ребра горячими щипцами, пока жертвы были еще живы. Некоторых пороли до костей. Многих посадили на кол. Младенцев привязывали к спинам матерей и так бросали в реку. Избиения жителей длились пять недель. На то, чтобы очистить реку Волхов от трупов, ушло еще полгода.