Кун начал предпринимать усилия, направленные на то, чтобы монополизировать сбор гвоздики на Молуккских островах и мускатного ореха на островах Банда. Султан островов Банда был против подобных намерений и продолжал торговлю в обход Куна с португальцами и англичанами. В ответ Кун решил перенести штаб-квартиру VOC из Бантама. На новом месте он планировал усилить надзор за султаном. В 1619 году штаб-квартира была перенесена в Джаякарту (нынешняя Джакарта), что в восточной части Явы. Кун принудил местных жителей покинуть родные дома. Он сжег хижины аборигенов и выстроил на их месте новую столицу Голландской Ост-Индии, которую планировал назвать Новым Хорном, в честь своего родного города. Руководство VOC неодобрительно отнеслось к такому замыслу, и в итоге крепость получила название Батавия. Так римляне в Античности называли Голландию.
В поведении Куна стали прослеживаться признаки мании величия. Он хотел превратить Батавию в идеальный город с типичной голландской архитектурой, церквями и деревянными домами. Он также начал масштабную кампанию по привлечению в Батавию новых поселенцев из Голландии. На Яве Кун вел себя как хозяин.
Яванцев заставили работать на плантациях. На деле местных жителей превратили в рабов. На плантациях они вынуждены были покупать у VOC даже скудное пропитание. Кун не переносил тех, кто пытался препятствовать воплощению его грандиозных планов. Он никогда не забывал оскорблений.
Когда Кун основал в Батавии факторию и штаб-квартиру VOC, он бросил все силы на создание монополии. Голландцы проигрывали в торговле мускатным орехом, поскольку их цены были выше, чем у англичан и аборигенов. Кун был уверен, что создать монополию можно, только истребив местных жителей.
В 1606 году голландцы захватили остров Амбон, входящий в Молуккский архипелаг. Островам пряностей принадлежал и небольшой архипелаг Банда. В 1620 году голландцы захватили входивший в него остров Рун, отбив его у англичан. Правда, официально остров отошел к голландцам лишь по мирному договору 1667 года, когда Нидерланды получили его от англичан в обмен на другой остров, впоследствии получивший название Манхэттен.
В январе 1621 года Кун отправился на Банда с намерением окончательно взять под свой контроль весь архипелаг. Отряды высадились на островах Банда-Нейра и Лонтар. Предлогом для карательной экспедиции стало то, что местные жители не соблюдали крайне невыгодные для них торговые договоры с голландцами и продолжали вести торговлю с англичанами.
Поскольку жители островов Банда не смогли дать голландцам требуемого количества пряностей, Кун заплатил японским наемникам, чтобы те захватили 44 представителей местной власти. Их обвинили в мятеже. Восемь вождей-оринджкая бросили в бамбуковые клетки, сооруженные за пределами Форта Нассау. 8 мая 1621 года шесть японских ронинов четвертовали пленников. После этого они казнили еще 36 человек и изрубили их тела в куски. Отрезанные головы жертв подняли на бамбуковые шесты для всеобщего устрашения.
После этого Кун организовал массовые убийства всего совершеннолетнего мужского населения. Женщин и детей довели до голодной смерти. Тела погибших раскидали по островам в назидание остальным. Из 15 000 жителей в живых осталось не более 1000 человек. Восемьсот островитян были насильно переправлены в Батавию.
Массовая резня и порабощение аборигенов возмутили современников и заставили даже руководителей VOC выступить с критикой действий Куна. Один из его голландских начальников заявил, что трудно извлечь выгоду из опустошенного моря, опустошенной земли и опустошенных деревень. Куна эти увещевания не трогали, в своей бухгалтерской манере он лишь тщательно записывал в гроссбух количество убитых людей. Жители Банда помнят о резне 1621 года до сих пор. В память о жертвах на островах танцуют поминальный танец какалеле. Каждый год пятерых мужчин выбирают представлять армию бандийцев. Они танцуют, вооруженные лишь деревянными мечами и щитами, зажав в зубах цветы, — и это символизирует отсутствие у жертв голоса и власти.
