A sua má sorte não ficara por aí. Pouco depois de terem saído de Chaul, onde se haviam acolhido, fora arrastado para novas desventuras, quando a nau de Taborda se cruzara com as três fustas de Fernão de Morais – outro que não quisera ficar em Diu a socorrer António da Silveira no cerco –, enviado a Dabul pelo vizo-rei com a missão de queimar uma galé turca que estava a carregar mantimentos por mandado de Soleimão Baxá. Morais, que não obedecera a António da Silveira, forçara Taborda a ceder-lhe doze homens para o ajudarem no assalto e ele, que era sempre o mais enjeitado, fizera parte do lote.
Por fortuna, Morais já não achara o navio inimigo em Dabul e regressara a Goa, em cujo porto Gonçalo Vaz Coutinho, o capitão da cidade, estava prestes a partir com cinco fustas para Onor, com a missão de exigir à rainha a entrega de uma outra galé turca da armada do capado, que arribara às suas costas desgarrada pela tempestade. Fernão, que vestia ainda as roupas dadas por esmola em Ormuz e continuava sem um real no bolso, aceitara sem hesitação o convite para embarcar na dita frota, que lhe fizera o capitão de uma das fustas, seu amigo, pagando-lhe logo cinco cruzados de soldo, para o ajudar. Os soldados da sua equipagem apetrecharam-no com sobras das suas couraças e armas, de tal modo que Fernão se parecia a um estafermo feito de bocados, como os que eram usados para treino dos cavaleiros nos exércitos e armadas.
Partira antes mesmo de poder ver a cidade, tal como lhe sucedera com Diu, e dois dias mais tarde, ainda mal refeito da viagem a Dabul, entravam no porto de Onor com grande estrondo de artilharia e fanfarra de guerra, para espantar e atemorizar os naturais, assim como aos turcos se ainda lá estivessem. Onor era a terra do corsário Timoja, que se fizera amigo dos portugueses no tempo de D. Francisco de Almeida, ajudando D. Afonso de Albuquerque a conquistar Goa. Todavia, como aquele momento era de conflito não tivera ocasião de colher informações dessas histórias passadas. E a desgraça não se fizera esperar.
Vendo que a rainha se escusava a queimar a galé porque, segundo lhes mandara dizer, vinha armada com grossa artilharia contra a qual ela não tinha poder de fogo, Gonçalo Coutinho decidira acometer e conquistar o dito navio em vez de o abrasar, para o levar como troféu a D. Garcia de Noronha. Fora imprudente em não ter tomado em conta os avisos da soberana, de que os rumes estavam muito bem armados, entrincheirados no rio onde tinham a galé, e saíra-se mal. Na feroz batalha que travaram, embora tivessem matado muitos inimigos, os cem portugueses foram desbaratados e obrigados a fugir para as fustas, debaixo de pesado fogo, transportando em braços os quinze mortos, entre os quais o filho do capitão, mais os cinquenta e quatro homens feridos e queimados com gravidade.
Cheio de paixão pela perda do filho e dos seus homens, o capitão quisera castigar a rainha, contudo, persuadido pelas suas súplicas e protestos de amizade, assinara novo concerto de paz, regressando a Goa. Em Onor ficara Jorge Nogueira para se certificar de que Sua Alteza cumpriria a promessa de queimar a maldita galé e expulsar os turcos do seu reino.
Absorto nos seus pensamentos, Fernão choca com um fanchono todo taful, que franze o sobrolho, levando a mão à espada escandalizado pelo desrespeito, por fim se apazigua com as suas juras e desculpas pela distração e ofensa involuntária. Suspira de alívio e segue a caminho do porto, retomando o fio à meada das suas memórias.
Escapara à morte, no confronto com os rumes em Onor, mas ficara muito ferido e continuava sem um real de ganho, visto que não tinham tomado a galé, portanto, não houvera saque para recompensar as tripulações e os soldados. À chegada a Goa, enviaram-no com outros feridos graves para o Hospital Real, fundado no ano de mil quinhentos e vinte e considerado por todos os estrangeiros que o visitavam como o maior e mais importante hospital do Oriente, um dos melhores do mundo. Ali jazera entre a vida e a morte, sendo salvo in extremis, nada mais, nada menos do que pelo doutor Garcia de Orta, o físico do capitão-mor Martim Afonso de Sousa, que ali prestava cuidados aos soldados e matalotes pobres.
Durante a convalescença, Fernão contara-lhe as suas desventuras e o doutor, apercebendo-se da sua curiosidade por mezinhas e curas, fizera-se seu amigo, permitindo que ele o acompanhasse nas rondas pelas enfermarias, ensinando-lhe os usos de muitas drogas e ervas, à mistura com gostosas histórias.