Em boa hora o fizera, porque, devido aos vagares que D. Garcia de Noronha levava no caminho de Goa para Diu, alguns navios, entre os quais a nau de Pêro de Faria, tinham-se distanciado da armada. O tempo começara já a mudar e, cerca do golfão de Diu, as sanguessugas que no início da viagem se mantinham enroladas no fundo do frasco, em sinal de bom tempo, ao terceiro dia começaram a nadar de um lado para o outro, anunciando o vento que não tardara a soprar. Assim, quando as vira amarinhar pelas paredes do frasco, a contorcer-se loucamente fora da água, como se quisessem fugir, Fernão percebera que, em breve, iria cair sobre a nau uma violentíssima tempestade e correra a prevenir o capitão. Pêro de Faria não perdera tempo e navegara a todo o pano para Diu, onde chegara já debaixo de intensa chuva e ventos rijos, porém com a nau incólume.
Ao desembarcarem em Diu, mal podiam crer nos seus olhos, vendo os baluartes todos por terra e os muros da fortaleza tão esventrados que se podia entrar neles como por uma nau. Fernão sentiu um arrepio de medo, de mistura com o alívio de não ter passado por tamanhas vicissitudes como as que atestavam aquelas ruínas. Cada um dos defensores, homem ou mulher, era digno de registo nas crónicas do reino, merecedor de real recompensa, contudo, sendo a sua pátria ou os que a regem tão ingratos para com os seus filhos de maior valia, pouco haveriam de receber de prémio ou galardão. A sua única recompensa seria o terem escapado com vida daquele inferno.
Sete dias mais tarde, foram chegando os navios da armada que o temporal dispersara por muitas partes; a maioria trazia rombos no casco, os mastros quebrados, as velas rotas, a artilharia perdida, lançada ao mar como lastro. Os homens desembarcaram a maldizer e a praguejar contra o vizo-rei, cuja ganância os fizera perder o bom tempo e a muitos companheiros a fazenda e a vida:
– O malparido esteve dias a fio em Chaul e em Baçaim, sem sequer desembarcar, somente a tratar do seu proveito. Má gafeira que lhe dê! Todo o seu feito é sacar dinheiro aos moradores, assim como aos estrangeiros, tirando a uns para entregar a outros que lhe dão peitas.
– Rogo eu a Deus que má dor lhe venha! Fez com que se perdesse a galé bastarda do seu próprio filho, D. Álvaro, de que por milagre os homens se salvaram em camisa que tudo o mais se afundou. E a galé Espinheiro, do capitão João de Sousa, o Rates, também se perdeu e nela só não se afogou mais gente, além dos escravos que estavam presos aos bancos, porque o moço D. Cristóvão da Gama, o filho do almirante descobridor da Índia, os salvou com a sua nau a muito custo.
– Só as perdas desses dois navios, com os seus escravos e bombardas, mais a artilharia alijada ao mar pelos outros navios, passam de trinta mil cruzados. O demo parece que se chantou no vizo-rei, que já ninguém o pode sofrer! Traz muito pouca gente nestes cinquenta navios, porque sempre que se chegou com a armada perto de terra, os homens desembarcaram aos magotes e já não volveram aos navios.
Fazendo-se desentendido das murmurações e ódios, quer dos fidalgos quer da gente baixa, D. Garcia de Noronha reinava em Diu como lhe dava na vontade, segundo os seus interesses, distribuindo cargos, postos e benefícios de acordo com as suas inclinações ou amizades, amealhando favores e riquezas. Como António da Silveira lhe disse que el-rei de Cambaia sondara o terreno para o concerto de paz, o vizo-rei, ansioso por alcançar maior proveito para si, expedira sem demora embaixadores a Alucão, com recado de que esperava os enviados d’el-rei para se assinar o tratado. Mandou lançar pregões da outra banda do rio, concedendo seguros com muitos privilégios a todos os mercadores e moradores da cidade que quisessem voltar para as suas casas, a fim de povoar de novo a cidade que estava deserta.
António da Silveira partira para o reino, não sem antes ter sofrido em Goa mais uma humilhação dos invejosos oficiais da Coroa, que procuraram manchar a honra do capitão, que gastara na Índia muito mais da sua fortuna pessoal do que o que recebera em pagamento pelos seus serviços, para poder prover os homens que tinha sob as suas ordens.
Para que os homens de sua obrigação não chegassem ao reino de mãos a abanar, mais pobres do que haviam partido, Silveira mandara carregar um paiol da nau Santo António com as arcas deles que, em segredo, enchera de mercadorias para cada um vender em Lisboa com muito proveito. O vedor da Fazenda denunciara-o a Pêro Lopes de Sousa, e foram ambos fazer uma devassa à nau. Ao verem o paiol atravancado com as arcas dos soldados, deram ordens para que as deitassem logo fora e, em seu lugar, metessem fardos de pimenta. O capitão sentira muito a afronta, dizendo com ironia, para quem o quisera ouvir: