Комиссия из Петербурга, расследовавшая происшествие, установила, что пожар произошел от непогашенной в пассажирской каюте свечи. Загоскин своей вины не признал. Военный суд вынес суровый приговор: двух нижних чинов, которые, выгораживая командира, давали ложные показания, расстрелять, «прочим отсечь по два пальца», Загоскина разжаловать, лишить дворянства и «казнить смертию».
Челеев первым вступился за своего адъютанта — обратился с письмом в Морское министерство и просил учесть возраст, боевые заслуги и неумышленный характер преступления. Военный губернатор Астрахани также просил начальника Главного морского штаба князя А. С. Меншикова о снисхождении офицеру сгоревшего парохода и его команде. Написал рапорт Меншикову и сам осужденный, где осмеливался «умолять вашу светлость о защите несчастного».
В 1834 году Адмиралтейский совет постановил: поскольку подлинного виновника установить не удалось и пожар случился не по злому умыслу, вина Загоскина состоит в небрежном исполнении своих обязанностей. В итоге лейтенанта разжаловали в матросы 2-й статьи, унтер-офицеров — в рядовые, нижним чинам в качестве наказания зачли их пребывание под арестом во время следствия. Убытки в размере 11 тысяч рублей приняли на счет казны. Буквально через неделю император смягчил наказание — Загоскина разжаловали без лишения дворянства. Спустя еще три месяца, в канун Пасхи, ему вернули прежний чин и назначили служить в 9-й флотский экипаж на Балтийское море.
Наказание-то смягчили — а след остался. Если бы речь шла о рядовом нарушении дисциплины, никто бы о нем потом и не вспомнил; даже такие прославленные моряки, как Нахимов, в молодости не избежали гауптвахты. Но о командире, который не уберег свой корабль в мирное время, говорили долго, и пятно ложилось на всю жизнь. Восстановить свое доброе имя можно было, лишь совершив подвиг — не меньше. «В минуту получения прощения, — признавался Загоскин в 1846 году, — я дал обет принести все свои способности и жизнь пользам служения отечеству».
На Балтике, где Загоскин отслужил после несчастья четыре года, проявить себя было трудно: там главным образом демонстрировали образцовое содержание кораблей перед императором. Кто жаждал активной деятельности, переводился на Черное море — там Кавказ кипел боевыми действиями и Черноморский флот, крейсируя вдоль берегов, защищал гарнизоны фортов от нападения горцев. У черноморских моряков, как говорил адмирал М. П. Лазарев, была в то время «самая лихая служба». Перед Загоскиным было два пути — или просить перевод с Балтики на Черное море, что в то время приравнивалось к ссылке в Сибирь, или отправиться дальше Сибири — в Америку. Помог случай — и Загоскин поступил на службу в Российско-американскую компанию.
Приехав в Новоархангельск и ознакомившись с тамошней службой, он увидел: здесь можно совершить то, к чему он так стремился. Он сообщил главному правителю колоний Ивану Антоновичу Купреянову, с которым был знаком еще по службе на Каспии, «о готовности принять на себя обозрение неизвестных стран внутренности наших владений». Его стремление вполне совпадало с задачами компании, и Ф. П. Врангель, который занимал на тот момент должность одного из директоров Главного правления, дал свое согласие. Руководил подготовкой экспедиции Адольф Карлович Этолин, принявший пост главного правителя колоний после Купреянова.
Цели, которые компания поставила перед экспедицией, были, казалось бы, сугубо коммерческими — предстояло ответить на вопросы: «Где выгоднее и удобнее основать редуты и посты так, чтобы один не мешал другому в торговых оборотах с туземцами? Какие выбирать пути в этой изобильной реками стране для удобнейшей коммерции между редутами и морским берегом? Какие принять меры для того, чтобы промыслы из этой части материка не переходили на азиатский берег, а попадали бы в руки компании?» Однако это требовало самого пристального изучения и прибрежных, и внутренних земель Аляски.
По впадавшим в залив Коцебу рекам местные ежегодно свозили меха и продавали их чукчам, переплывающим или переезжающим по льду Берингова пролива. Чтобы меха не шли мимо компании, Загоскину следовало определить место для основания нового редута на берегу залива. Второй его задачей было исследовать территорию от Михайловского редута на берегу залива Нортон до верховий рек Квикпак и Кускоквим. Ему поручалось «составить, по возможности, удовлетворительное описание страны, орошаемой этими реками, и определить удобнейшие и ближайшие переносы из одной реки в другую», то есть кратчайшие пути.
