О первых годах жизни Вани Попова известно мало. Прошли они в селе Анга, что по-сибирски широко раскинулось на обоих берегах реки в 200 верстах к северу от Иркутска. Когда-то он описал свое детство и проделанный им путь из Иркутска в Америку, но в 1858 году во время пожара в Якутске его бумаги сгорели. Больше он к тем записям не возвращался, а в родном селе любил бывать, заезжал туда при первой возможности. И в 1840 году, когда принял постриг и возвращался из Петербурга в Америку уже Иннокентием, епископом Камчатским, Курильским и Алеутским, и когда по нескольку раз объезжал свою обширную епархию, — он непременно сворачивал с тракта, служил молебен в родной Ильинской церкви, заходил в свой старый дом, который с годами сгорбился, врос в землю, так что приходилось низко склонять голову под притолокой, будто кланяясь в пояс родителям, ушедшим в мир иной.
Он вспоминал, что грамоте действительно начал учиться рано — на пятом году жизни; но учил его не дядя, как написал автор биографии, а отец, который тогда тяжело болел и почти всё время проводил в постели. Осенью 1803 года Евсевий Иванович умер, не дожив до сорока шести лет и оставив вдову с четырьмя малолетними детьми без всяких средств. Чтобы не умереть с голоду, Фекла Саввишна отдала шестилетнего Ваню в дом его родного дяди по отцу — Димитрия Попова, который жил здесь же, в Анге.
Семья дяди за богатством не гналась, но хозяйство имела крепкое, дядя умел и плотничать, и столярничать, стоило переступить порог их дома, как сразу было видно мужскую руку и мужской догляд за всем. Он и Ваню стал приохочивать к инструменту.
Дядя служил дьяконом в Ильинской церкви и по вечерам начал обучать Ваню читать Псалтирь, затем Часовник. Вскоре мальчик действительно читал в церкви Апостол — на седьмом или восьмом году жизни, точно не помнит — зато хорошо запомнил, что было это в праздник Рождества Христова. Да и как такое забыть — ведь Апостол обычно читают за литургией взрослые, особенно в большие праздники, а здесь доверили мальчику. И потому он запомнил ту рождественскую службу на всю жизнь.
Обрадованная его успехами мать надеялась, что он станет пономарем в церкви, как отец, и семья получит подмогу. Она подала прошение — но получила отказ. Зато принять мальчика в Иркутскую семинарию епархиальное начальство согласилось. И пришлось Ване на девятом году жизни проститься с матушкой, братьями и сестрами и уехать из родного села в далекий и пугающий своей неизвестностью большой город.
Неблизкий путь из Анги в Иркутск пролегал мимо Качуга, где Лена круто поворачивала свое извилистое русло, будто указуя место для большого села в образовавшейся излучине реки, и где караваны купеческих подвод всегда делали остановку для отдыха. Ваня вместе со взрослыми напился чаю на постоялом дворе, поел напеченных матушкой шанег и пошел к реке.
Кругом было тихо, ни души, только наст скрипел под катанками. Буйная нравом Лена сейчас мирно спала, скованная льдом, и Ваня долго смотрел с высокого берега на ее заснеженное русло, что угадывалось лишь по прибрежным зарослям сухой замершей травы, и казалось, не одна Лена спит — белое безмолвие навсегда сковало все живое вокруг, весна забыла его родную Сибирь и возрождения не будет. По малости лет он еще не понимал, что его жизнь, как и река, тоже делала сейчас крутой поворот, он лишь остро чувствовал тоску по дому, вспоминал ласковые матушкины ладони, которые стискивали его на прощание.
Словно подслушав его безрадостные мысли, внезапно задул злой хиус, стал высекать из глаз невольные слезы, настырно забираться в длинные, не по Ваниному росту рукава отцовского зипуна. Что-то ждет его там, в далеком городе? Как примут в семинарии? Пойдет ли учеба? На память ему приходили рассказы о казаках — первопроходцах Сибири и Америки, кто дерзко и упрямо шел напролом, ночевал в снегу, сплавлялся по рекам, тонул в полыньях, вяз в болотах, но, несмотря на все преграды, все-таки вышел к Великому океану. «Помни: ты — сибиряк, — повторял дядя, — значит, выстоишь». И напоминал слова псалма: «Господь мне Помощник, и не убоюся, что сотворит мне человек». Вспомнил Ваня дядино напутствие — и незнакомый Иркутск представился не таким уж и страшным.