Немцы начали расследование, подключили к делу всех своих осведомителей и вскоре получили неожиданную информацию: в легионе действует группа, которую организовал и действиями которой руководит политрук и поэт Муса Джалиль. Нашёлся провокатор и в группе, подготовленной к переходу к партизанам.
Муса Джалиль был арестован. Арестовали и всю его группу, с которой он вёл подпольную работу среди легионеров.
По приговору суда «за распространение советской идеологии, разложение батальона» 25 августа 1944 года Джалиля и всю его группу казнили. Как пишут биографы, «в берлинской тюрьме Плётцензее подпольщик был гильотинирован». Говорят, что вместе с Джалилем в тот роковой день немцы казнили ещё одного татарского поэта — Абдуллу Алишева. Он был из подпольной группы Мусы Джалиля и тоже бывший легионер. Все одиннадцать приговорённых смерть приняли мужественно.
Когда окончилась война, судьбу легионеров решали офицеры Смерша, которые разбирали дела каждого из них.
Муса Джалиль был женат трижды.
Первая жена, Рауза, родила ему сына Альберта. Альберт стал офицером ВВС. Служил на Кавказе и в Группе советских войск в Германии. У него двое сыновей.
Вторая жена, Закия, родила дочь Люцию. Люция окончила Московский государственный институт кинематографии. В качестве ассистента режиссёра участвовала в съёмках фильма об отце «Моабитская тетрадь».
Третья жена, Амина, родила Мусе Джалилю дочь Чулпан. Получив хорошее образование, Чулпан работала в издательстве «Художественная литература» в редакции русской классики. Каждый год в день рождения Мусы Джалиля Чулпан с дочерью Татьяной, внуками Михаилом Митрофановым-Джалилем и Елизаветой Малышевой приезжает в Казань на родину поэта, отца, деда и прадеда.
Но сразу после войны, когда в руки Смерша попали списки легиона «Идель-Урал», вдове и детям поэта некоторое время жилось нелегко. Легионер! Предатель Родины!
Однако чем глубже офицеры Смерша погружались в исследование жизни Мусы Джалиля в концлагерях и в батальоне легиона «Идель-Урал», тем больше убеждались в том, что старший политрук Джалилов так и остался политруком РККА и до конца исполнял свой офицерский долг перед Родиной. Как это ни парадоксально, в немыслимых обстоятельствах раскрылся и его поэтический дар. Но это смогли оценить уже другие люди.
«В 1946 году, — свидетельствуют казанские хроники, — в Союз писателей Татарстана пришёл бывший военнопленный Трегулов Нигмат и передал тетрадку со стихами Мусы Джалиля, которую доверил ему поэт, а он, в свою очередь, смог вынести её из немецкого лагеря. Спустя год в Брюсселе в советское консульство передали второй блокнот со стихами Джалиля. Андре Тиммерманс, участник Сопротивления из Бельгии, тайно вынес бесценный блокнот из Моабитской тюрьмы. Он виделся с поэтом перед казнью, тот попросил его передать на Родину стихи.
За годы тюремного заключения Мусою было написано 115 стихов. Эти тетрадки, которые сумели вынести его товарищи, переданы на Родину и хранятся в Государственном музее Республики Татарстан.
Стихи из Моабита попали в руки Константина Симонова. Симонов организовал их перевод на русский язык и доказал всему миру патриотизм политической группировки под руководством Мусы Джалиля, организованной прямо под носом у фашистов, в лагерях и тюрьмах. Симонов написал о Мусе статью, которую напечатали в 1953 году в одной из советских газет. С клеветою на Джалиля было покончено, и по стране началось триумфальное осознание подвига поэта».
Первое издание книги стихов «Моабитская тетрадь» было осуществлено в 1953 году на родном для поэта татарском языке. В 1955 году стихи вышли на русском языке. В родном Татарстане об этом писали: «Это было похоже на возвращение с того света».
В 1956 году Мусе Джалилю присвоили звание Героя Советского Союза (посмертно).
В 1957 году ему присуждена Ленинская премия по литературе за сборник стихов «Моабитская тетрадь».
