Это были отборные войска: служилые люди царского двора, дворянская конница, стрельцы, солдаты и рейтары полков нового строя, иноземцы. Воевода Трубецкой возглавил, таким образом, ударную группировку на южной границе.
«А всем воеводам изо всех мест указал Государь быть с воеводою с князь Алексеем Никитичем Трубецким, а стоять по своим городом, где кому указано».
Своеобразный «военный округ», порученный Трубецкому, занимал большую территорию, другие воеводы стояли в Крапивне, Переяславле-Рязанском, Венёве, Мценске.
В 1642 году, после смерти князя Воротынского, Трубецкой уже официально назначается «большим воеводой», фактическим командующим всей обороной юга: «На его место указал Государь быть на Туле воеводе князю Алексею Никитичу Трубецкому. А воеводам, которые по местам, указал Государь быть с воеводою с князь Алексеем Никитичем Трубецким».
Служил «большим воеводой» на «крымской украине» Алексей Трубецкой и в последующие годы.
В 1645 году царем стал Алексей Михайлович. По обычаю, «указал Государь Царь и Великий князь Алексей Михайлович послать в полки и во все Государство, во все города, приводить ко кресту на свое государево имя». В Тулу, центр южной оборонительной линии, поехали «дворянин князь Алексей Никитич Трубецкой да дьяк Калистрат Акинфиев». В том же году Трубецкой сделал решающий шаг в своей карьере: он получил звание, которого достигали немногие дворяне. По записи дворцовых разрядов, «сентября в 7 день пожаловал Государь из дворян в бояре князь Алексея Трубецкого». Через несколько дней «у Троицы в Сергиеве монастыре, был у государя стол», и впервые «за трапезою» был «у стола» новый боярин Алексей Никитич Трубецкой. В дальнейшем записи о том, что «был у государя стол» и «за трапезою» опять был боярин Трубецкой, — стали постоянными.
Однако, приближенный ко двору и обласканный царской милостью, Алексей Трубецкой оставался прежде всего воеводой. В декабре 1645 года, когда к русским границам пришли «крымские царевичи Калга и Нурадым и многие крымские люди», «большой воевода» снова в Туле во главе полков.
В 1646 году мы видим Алексея Трубецкого не только «большим воеводой» на «украине», но и «дворцовым воеводой», под командование которого отдается личный царский полк. В дворцовых разрядах записано:
«Указал Государь быти на Туле, с боярином и с воеводою с князь Алексеем Никитичем Трубецким, своему государеву двору: стольникам, и стряпчим, и дворяном московским, и жилцом, и дворяном и детем боярским из городов, и дворовым людем: сытником, и ключником, и конюхом, и стрелцом, и иноземцом, и даточным людем, и драгуном, и солдатом», а все остальные пограничные воеводы должны с ним «быть в сходе».
В 1647 году начинается активная дипломатическая деятельность Алексея Трубецкого, он неизменно присутствует на торжественных приемах иностранных послов в Золотой или Грановитой палатах, а затем возглавляет деловые переговоры. Только за осень он провел переговоры с литовским послом Адамом Киселем, каштеляном Киевским, со шведскими послами Ириком Гулденстерном, Анцом Врангелем и Ларсом Контерстерном, с посольством «Владислава короля Польского и великого князя Литовского». Затем следуют переговоры с посольством Богдана Хмельницкого (1648), с послами «Яна Казимеря короля польскаго и великого князя Литовского» (1649), с персидским послом и послом английского короля графом Яном Кульпипером (1650). Алексей Никитич Трубецкой пожалован «ближним боярином и наместником Казанским». Видимо, дипломатом Трубецкой оказался незаурядным…
Но «ближний боярин и наместник Казанский» оставался прежде всего полководцем, и именно так оценивало его правительство, немедленно назначая «большим воеводой» в случае военной опасности.
Большое беспокойство вызвало в Москве восстание в Пскове в 1650 году, а в мае «по псковским вестям» велено было «быть под Псковом с ратными людьми» воеводе Алексею Трубецкому. Впрочем, поход не состоялся, «сказка была, а посылки не было». В начале июня, теперь уже «по крымским вестям», указано «быть на военной службе на Туле, для приходу воинских людей, боярам и воеводам». И снова во главе войска оказался «большой воевода» Алексей Никитич Трубецкой, а с ним все «ратные люди, которым было итти подо Псков».
