Испанский гарнизон Сантьяго-де-Куба капитулировал 17 июля. Вслед за этим сдались испанские войска на соседнем острове Пуэрто-Рико. Правительство Испании запросило переговоров о мире. Они начались в Вашингтоне 26 июля при посредничестве посольства Франции. МакКинли потребовал крупных уступок со стороны Испании. В середине августа ее правительство согласилось отказаться от Кубы и Пуэрто-Рико и передать судьбу Филиппин на рассмотрение мирной конференции. Конференция была созвана в Париже, и 10 декабря 1898 г. был подписан мирный договор, подтвердивший полную победу США. Испания признала независимость Кубы, передавала США Филиппины, острова Гуам и Пуэрто-Рико. США становились колониальным государством. В левой международной журналистике испано-американскую войну 1898 г. стали называть первой войной, носившей империалистический характер, то есть войной за передел уже поделенного колониального мира.
Как это ни удивительно, в Конгрессе нашлись депутаты, которых по различным причинам не устраивали условия Парижского мира, и его ратификация Сенатом находилась под вопросом. Одни считали, что США должны были потребовать крупную денежную контрибуцию от Испании, другие выражали уверенность, что заморская империя стране не нужна, что она только отяготит американскую казну. И теперь МакКинли проявил качества сильного лидера. Он отправился на юг, где произнес ряд речей, доказывавших, насколько благоприятны условия мира для индустриального развития южных штатов. В результате большинство демократической фракции Конгресса высказалось в пользу условий мирного договора. 6 февраля 1899 г. Сенат ратифицировал Парижский договор.
Умиротворение новых территорий давалось нелегко, особенно на Филиппинах, где весной 1899 г. было введено военное управление и проводилось жестокое подавление выступлений повстанцев. МакКинли удалось во 2-й половине 1899 г. перейти к гражданскому управлению островами путем образования Филиппинской комиссии, однако в разных частях островов из-за вспыхивающих волнений приходилось то вновь вводить, то отменять военное положение. Лишь в начале 1900 г. удалось образовать более или менее прочное управление островами.
Другой важной послевоенной проблемой стало умиротворение Кубы. МакКинли не собирался включать остров в состав США. Это запрещало и соответствующее решение Конгресса — поправка сенатора Генри Теллера к резолюции об объявлении войны Испании, в которой говорилось, что вступление войск США на территорию Кубы не должно привести к аннексии острова, а ставит своей целью передать власть ее народу. В то же время МакКинли был убежден, что США должны обеспечить себе решающее влияние на этом острове, находящемся в непосредственной близости от американской территории, на который издавна претендовали военные круги и часть бизнеса. Президент опасался, что на Кубу начнется проникновение европейских стран. Военно-политический и юридический механизм был найден в документе под названием «поправка Платта».
В течение трех лет после войны с Испанией Куба находилась под американской оккупацией. Военные власти по указаниям президента провели ряд реформ. Католическая церковь была отделена от государства, введен гражданский брак, проведены санитарные мероприятия и главное — распущена повстанческая армия. В апреле 1900 г. был принят закон о предоставлении избирательного права мужчинам начиная с 21 года, умеющим читать и писать и владеющим хотя бы каким-то имуществом. Было создано Учредительное собрание, которое приступило к подготовке конституции. Все было бы отлично, но оставить остров на произвол судьбы, точнее, предоставить ему полную самостоятельность американское руководство и прежде всего президент абсолютно не желали. В соответствии с фактическим указанием президента сенатор от штата Коннектикут Орвилл Платт в феврале 1901 г. внес дополнение (поправку) к законопроекту о выделении средств на содержание американских вооруженных сил на Кубе. Поправка была утверждена обеими палатами, а 2 марта 1901 г. ее подписал МакКинли. В документе было восемь пунктов, но главными были 3-й и 7-й. Они соответственно предусматривали, что США имеют право на интервенцию «для охраны независимости Кубы, поддержания правительства, способного защитить жизнь, собственность и свободу личности», а Гавана обязывалась предоставить США землю под военноморские базы и угольные концессии.
