Особо важным вначале считалось назначение сенатора от Огайо Джона Шермана государственным секретарем. Президент исходил из того, что имя этого деятеля было широко известно как инициатора ряда важных законов (в том числе антитрестовского закона 1890 г.), как неоднократного кандидата на президентский пост. Но с этим назначением МакКинли ошибся. Весьма пожилой (ему было 74 года) сенатор не проявил активности и к тому же был мало знаком с внешнеполитическими проблемами. Не смещая Шермана со своего поста, МакКинли назначил заместителем госсекретаря старого знакомого по Кантону Уильяма Дея. Именно он фактически исполнял функции своего номинального руководителя. Через год Шерман ушел в отставку и Дей стал госсекретарем. Но теперь у него возникли разногласия с президентом, так как госсекретарь высказывался за умеренные территориальные требования по итогам войны с Испанией, а президент желал бóльших приобретений.
Военным секретарем вначале стал Рассел Алджер, ветеран Гражданской войны и губернатор штата Мичиган. Но он не проявил организаторских данных и был заменен известным юристом из штата Нью-Йорк Элиху Рутом, проявившим бóльшую инициативу, в частности в расширении сети военно-учебных заведений, подчинении Национальной гвардии федеральным властям и вообще наведении порядка в вооруженных силах.
Уже вскоре после прихода в Белый дом МакКинли предпринял усилия по проведению в жизнь требований своей партии касательно таможенных тарифов. В июле 1897 г. был принят закон об общем повышении пошлин и снижении их на взаимных началах в отношениях с другими государствами. Попробовав вначале по старой памяти ввести двойную — золотую и серебряную базу для всех валютных операций, президент вскоре отказался от подобных опытов и возвратился к традиционной политике республиканцев, активно поддержав закон о золотом стандарте, который в окончательном виде был принят в марте 1900 г. Закон объявлял золото единственным стандартным платежом, свободно обмениваемым на бумажные деньги и другие государственные или одобренные государством платежные обязательства, категорически запрещал биметаллизм, то есть использование серебра в качестве платежа.
В центре внимания МакКинли находились вопросы внешней политики. Первой проблемой стала судьба Гавайев, ставших фактически полуколонией США. В 1-й половине 90-х гг. на Гавайи началось массовое переселение из Японии. Американские власти опасались, что за этим может последовать любая неожиданность, в том числе прямое изменение ориентации вплоть до признания японского суверенитета над архипелагом. В начале 1897 г. с властями Гавайев было договорено о присоединении к США вначале на правах территории с перспективой в неопределенном будущем превращения в штат. В июле того же года проект договора был направлен в Сенат, где для утверждения такого рода документа требовалось большинство в 2/3.
МакКинли считал исключительно важным включение Гавайских островов в США с геополитической и стратегической точек зрения, особенно в свете назревавшей войны с Испанией. Однако в Сенате он встретил противодействие, главным образом со стороны тех, кто был связан с производителями сахара. Они опасались конкуренции гавайских сахарозаводчиков и падения цен. Была использована петиция неких гавайских деятелей (под ней стояли 38 тыс. собранных ими подписей), которые возражали против присоединения. Сторонникам МакКинли пришлось проводить «индивидуальную работу» с членами Палаты представителей и Сената, постепенно привлекая их на свою сторону. В результате был внесен второй проект резолюции депутата от штата Невада Френсиса Ньюлэнда, выдержанный в более осторожных тонах, согласно которому создавалась комиссия для выработки окончательного статуса и законов Гавайев в рамках США.
Фактически это означало аннексию островов. МакКинли подписал резолюцию 7 июля 1898 г. 12 августа состоялась передача власти над Гавайями американской администрации. Формально Гавайи становились не колонией, а территорией США. Более того, когда комиссия, назначенная Конгрессом, представила свой доклад, вновь возникли возражения против обладания архипелагом. Обосновывались они и доктриной Монро, и опасениями, что часть территории США окажется под властью цветного населения. Все же в 1900 г. Конгресс одобрил Органический закон Гавайев, определивший их статус как территории США с выборным управлением. Это была победа МакКинли.
