На Кубе поправка Платта была воспринята с недовольством. Различные силы — не только бывшие повстанцы, но и имущие круги — считали, что страна может превратиться в полуколонию США. МакКинли пришлось идти на умиротворение. 25 апреля 1901 г. он принял делегацию Учредительного собрания Кубы, которой обещал, что после принятия поправки кубинскими властями и внесения ее текста в договор с США Кубе будут предоставлены тарифные уступки. 12 июня Учредительное собрание специальным документом согласилось с поправкой Платта, 20 июня была провозглашена независимость Кубы, а в мае 1903 г., уже при новом президенте Теодоре Рузвельте, был подписан американо-кубинский договор, в текст которого полностью включили поправку Платта, а другими статьями были введены сниженные пошлины на кубинский сахар и на поставляемые на Кубу американские товары. Вслед за этим на территории Кубы стали создаваться американские военные базы.
В области внутренних дел МакКинли был значительно более сдержан. В 1899 г. своим исполнительным распоряжением он расширил перечень государственных должностей, для зачисления на которые требовались конкурсные экзамены. Несколько активнее по его распоряжению стали выполняться требования антитрестовского закона. По этому поводу президент выступал несколько раз, подчеркивая свое враждебное отношение к «трестовской практике», ведущей к повышению цен и ухудшению положения рядовых американцев. Был проведен ряд судебных процессов, решения которых предусматривали роспуск объединений, имевших признаки монополий, хотя в полном смысле монополиями не являвшихся.
Следующий, 1900 год был годом очередных президентских выборов. Перспективы переизбрания МакКинли были благоприятными. Главным его козырем был успешный итог войны 1898 г., превращение США в колониальную державу, фактическое овладение Кубой. К тому же после смерти в 1899 г. вице-президента Г. Хобарта МакКинли стал подумывать о том, чтобы баллотироваться вместе с Теодором Рузвельтом, который участвовал в военных действиях 1898 г., проявил мужество, а затем успешно руководил штатом Нью-Йорк в качестве его губернатора. Правда, МакКинли предупреждали, что Рузвельт — человек властный и может стать помехой столь же властному МакКинли, но преимущества сотрудничества с Рузвельтом перевесили опасения. Окончательно МакКинли склонился к этому накануне съезда Республиканской партии, который проходил в Филадельфии 19–21 июня. МакКинли и Рузвельт были выдвинуты уже в первом туре. Соперником стал, как и на предыдущих выборах, Уильям Брайан.
В оставшиеся до выборов месяцы шли острые дискуссии, главным образом по внешнеполитическим вопросам. Брайан выступал с антиимпериалистических позиций, тогда как МакКинли энергично защищал присоединение новых территорий и превращение США в океанскую и колониальную державу. Был выдвинут кандидат Социал-демократической партии Америки Юджин Дебс. Впоследствии Дебс и другие социалистические (а затем и коммунистические) кандидаты неоднократно выдвигались на президентский пост, но никогда не собирали ни в одном штате голосов, необходимых для утверждения хотя бы одного выборщика.
Республиканские кандидаты на высшие исполнительные должности получили немногим более 7,2 млн голосов (51,6 %), тогда как демократические номинанты — 6,3 млн (45,5 %). За республиканцев были 292 выборщика (65,3 %), за демократов — 155.
У МакКинли были обширные планы касательно второго президентского срока. Он говорил французскому послу, что собирается покончить с устаревшей традицией, согласно которой президент США не имеет права выезжать за пределы своей страны вплоть до завершения своего срока. В качестве демонстрации отказа от таковой традиции он собирался посетить прежде всего Кубу. Он намеревался продолжить практику заключения тарифных соглашений с другими странами, шире применять антитрестовское законодательство. Однако осуществление этих планов в той мере, в какой они совпадали с их намерениями, пришлось на долю преемников.
Пятого сентября 1901 г. МакКинли приехал в город Буффало, где собирался выступить на открывшейся здесь панамериканской выставке. На следующий день в одном из павильонов должен был состояться президентский прием: всем желающим предоставлялась возможность пожать руку президенту. В выстроившуюся очередь попал и человек, решивший убить МакКинли. Это был 28-летний поляк Леон Чолгош, недавно потерявший работу и посещавший собрания анархистов. Наслушавшись там речей об эффективности индивидуального террора, он решил воплотить их в жизнь. Спрятав пистолет под платок, которым обмотал руку, Чолгош, когда подошла его очередь, произвел в МакКинли два выстрела и был сбит с ног.
Президент был доставлен в местную больницу, в которой было установлено, что одна пуля, попавшая в живот, задела жизненно важные органы и застряла в спине. Состояние раненого было тяжелым, но вначале опасений за его жизнь не было.
